Vagues épidémiques de variants Beta, Delta et Omicron en milieu insulaire ultra-marin

ABSTRACT

Introduction Dans cette région d'Outre-Mer, une surveillance génomique a été mise en place en janvier 2021 suite à l'émergence de variants du SARS-CoV-2. Elle se compose d'une surveillance génomique locale et des enquêtes Flash nationales. La surveillance génomique vise à cartographier la circulation de variants sur l'île, et s'inscrit dans le cadre du projet EMERGEN (Consortium pour la surveillance et la recherche sur les infections à pathogènes EMERgents via la GENomique microbienne). Elle permet également de détecter l'introduction et de suivre la diffusion de variants d'intérêt ayant un impact en termes de transmissibilité, de sévérité ou d'échappement immunitaire accrus. Matériels et méthodes Du 04 janvier 2021 au 30 janvier 2022, 11 341 génomes ont été séquencés et soumis à EMERGEN, soit 5,6 % des cas de COVID-19 sur la période. La sélection de prélèvements à séquencer était aléatoire pour l'enquête Flash (une certaine proportion des prélèvements sur une période définie) et pseudo-aléatoire pour la surveillance génomique locale qui cible des cas particuliers en fonction de caractéristiques épidémiologiques ou cliniques atypiques (ex  cas importés, cas graves). Résultats Au total, 110 lignages et sous-lignages du SARS-CoV-2 ont été identifiés, dont 68 sous-lignages du variant Delta (B.1.617.2). Pendant les six premières semaines de l'année 2021, la majorité des lignages détectés correspondait à des variants circulant activement en Europe (ex  B.1.160, B.1.177), illustrant l'impact des flux de voyageurs sur la dynamique de la COVID-19 sur l'île. Selon les données de la base de données GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data), le lignage B.1.622 semble être spécifique à l'île car aucun autre territoire n'a identifié de séquences de ce variant. Trois variants d'intérêt ont été dominants pendant plusieurs semaines sur l'île et représentent à eux-seuls 95 % des séquences. Il s'agit du variant Beta (B.1.351 et B.1.351.2) prédominant de février à mi-juillet 2021 (29 % des séquences), le variant Delta (B.1.617.2 et sous-lignages AY) prédominant de mi-juillet à fin décembre 2021 (53 %) et le variant Omicron (B.1.529, BA.1 et BA.2) prédominant depuis fin décembre 2021 (13 %). Ces trois variants ont influencé différemment la dynamique de l'épidémie et son impact sanitaire. Le taux d'incidence a atteint un plateau élevé de 100 et 150 cas pour 100 000 habitants en période de prédominance Beta, un pic de 397/100 000 hab en période de prédominance Delta et 5 431/100 000 hab en période de prédominance Omicron. Conclusion Cette étude permet de mieux comprendre les interactions entre les variants du SARS-CoV-2 et l'impact qu'ils peuvent avoir sur l'évolution de l'épidémie. Elle illustre aussi l'impact des flux de voyageurs sur la dynamique de la COVID-19 en milieu insulaire, et ouvre des perspectives de travaux en épidémiologie génomique pour mieux comprendre les mécanismes d'émergence d'un variant dominant et l'impact en termes de sévérité et d'échappement vaccinal de ces variants préoccupants plus transmissibles. Aucun lien d'intérêt