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Seroprevalence, Prevalence, and Genomic Surveillance: Monitoring the Initial Phases of the SARS-CoV-2 Pandemic in Betim, Brazil.
Silva, Ana Valesca Fernandes Gilson; Menezes, Diego; Moreira, Filipe Romero Rebello; Torres, Octávio Alcântara; Fonseca, Paula Luize Camargos; Moreira, Rennan Garcias; Alves, Hugo José; Alves, Vivian Ribeiro; Amaral, Tânia Maria de Resende; Coelho, Adriano Neves; Saraiva Duarte, Júlia Maria; da Rocha, Augusto Viana; de Almeida, Luiz Gonzaga Paula; de Araújo, João Locke Ferreira; de Oliveira, Hilton Soares; de Oliveira, Nova Jersey Cláudio; Zolini, Camila; de Sousa, Jôsy Hubner; de Souza, Elizângela Gonçalves; de Souza, Rafael Marques; Ferreira, Luciana de Lima; Lehmkuhl Gerber, Alexandra; Guimarães, Ana Paula de Campos; Maia, Paulo Henrique Silva; Marim, Fernanda Martins; Miguita, Lucyene; Monteiro, Cristiane Campos; Neto, Tuffi Saliba; Pugêdo, Fabrícia Soares Freire; Queiroz, Daniel Costa; Queiroz, Damares Nigia Alborguetti Cuzzuol; Resende-Moreira, Luciana Cunha; Santos, Franciele Martins; Souza, Erika Fernanda Carlos; Voloch, Carolina Moreira; Vasconcelos, Ana Tereza; de Aguiar, Renato Santana; de Souza, Renan Pedra.
  • Silva AVFG; Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil.
  • Menezes D; Programa de Pós Graduação em Genética, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.
  • Moreira FRR; Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.
  • Torres OA; Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.
  • Fonseca PLC; Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil.
  • Moreira RG; Programa de Pós Graduação em Genética, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.
  • Alves HJ; Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.
  • Alves VR; Centro de Laboratórios Multiusuários, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.
  • Amaral TMR; Programa de Pós Graduação em Genética, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.
  • Coelho AN; Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.
  • Saraiva Duarte JM; Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil.
  • da Rocha AV; Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil.
  • de Almeida LGP; Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil.
  • de Araújo JLF; Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.
  • de Oliveira HS; Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil.
  • de Oliveira NJC; Laboratório Nacional de Computação Científica, Petropólis, Brazil.
  • Zolini C; Programa de Pós Graduação em Genética, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.
  • de Sousa JH; Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.
  • de Souza EG; Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil.
  • de Souza RM; Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil.
  • Ferreira LL; Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.
  • Lehmkuhl Gerber A; Programa de Pós-graduação em Biologia Celular, Departamento de Morfologia, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.
  • Guimarães APC; Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil.
  • Maia PHS; Programa de Pós Graduação em Genética, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.
  • Marim FM; Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.
  • Miguita L; Programa de Pós Graduação em Genética, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.
  • Monteiro CC; Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.
  • Neto TS; Laboratório Nacional de Computação Científica, Petropólis, Brazil.
  • Pugêdo FSF; Laboratório Nacional de Computação Científica, Petropólis, Brazil.
  • Queiroz DC; Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil.
  • Queiroz DNAC; Programa de Pós Graduação em Genética, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.
  • Resende-Moreira LC; Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.
  • Santos FM; Departamento de Patologia, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.
  • Souza EFC; Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil.
  • Voloch CM; Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil.
  • Vasconcelos AT; Escola de Saúde Pública de Betim, Betim, Brazil.
  • de Aguiar RS; Programa de Pós Graduação em Genética, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.
  • de Souza RP; Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.
Front Microbiol ; 13: 799713, 2022.
Article in English | MEDLINE | ID: covidwho-1903073
ABSTRACT
The COVID-19 pandemic has created an unprecedented need for epidemiological monitoring using diverse strategies. We conducted a project combining prevalence, seroprevalence, and genomic surveillance approaches to describe the initial pandemic stages in Betim City, Brazil. We collected 3239 subjects in a population-based age-, sex- and neighborhood-stratified, household, prospective; cross-sectional study divided into three surveys 21 days apart sampling the same geographical area. In the first survey, overall prevalence (participants positive in serological or molecular tests) reached 0.46% (90% CI 0.12-0.80%), followed by 2.69% (90% CI 1.88-3.49%) in the second survey and 6.67% (90% CI 5.42-7.92%) in the third. The underreporting reached 11, 19.6, and 20.4 times in each survey. We observed increased odds to test positive in females compared to males (OR 1.88 95% CI 1.25-2.82), while the single best predictor for positivity was ageusia/anosmia (OR 8.12, 95% CI 4.72-13.98). Thirty-five SARS-CoV-2 genomes were sequenced, of which 18 were classified as lineage B.1.1.28, while 17 were B.1.1.33. Multiple independent viral introductions were observed. Integration of multiple epidemiological strategies was able to adequately describe COVID-19 dispersion in the city. Presented results have helped local government authorities to guide pandemic management.
Keywords

Full text: Available Collection: International databases Database: MEDLINE Type of study: Observational study / Prognostic study / Qualitative research / Randomized controlled trials Country/Region as subject: South America / Brazil Language: English Journal: Front Microbiol Year: 2022 Document Type: Article Affiliation country: Fmicb.2022.799713

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