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Genomic and epidemiologic surveillance of SARS-CoV-2 in Southern Brazil and identification of a new Omicron-L452R sublineage.
da Silva, Mariana Soares; Gularte, Juliana Schons; Filippi, Micheli; Demoliner, Meriane; Girardi, Viviane; Mosena, Ana Cristina Sbaraini; Pereira, Vyctoria Malayhka de Abreu Góes; Hansen, Alana Witt; Weber, Matheus Nunes; de Almeida, Paula Rodrigues; Fleck, Juliane Deise; Bó, Andrea Gurgel Batista Leite Dal; Jones, Marcus Herbert; Friedrich, Frederico; Filho, Luiz Amorim; Klamt, Fábio; Spilki, Fernando Rosado.
  • da Silva MS; Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Rodovia ERS-239, N° 2755, Prédio Vermelho, Piso 1, sala 103, Vila Nova, Novo Hamburgo, RS CEP 93525-075, Brazil. Electronic address: marisoares.vet@gmail.com.
  • Gularte JS; Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Rodovia ERS-239, N° 2755, Prédio Vermelho, Piso 1, sala 103, Vila Nova, Novo Hamburgo, RS CEP 93525-075, Brazil.
  • Filippi M; Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Rodovia ERS-239, N° 2755, Prédio Vermelho, Piso 1, sala 103, Vila Nova, Novo Hamburgo, RS CEP 93525-075, Brazil.
  • Demoliner M; Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Rodovia ERS-239, N° 2755, Prédio Vermelho, Piso 1, sala 103, Vila Nova, Novo Hamburgo, RS CEP 93525-075, Brazil.
  • Girardi V; Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Rodovia ERS-239, N° 2755, Prédio Vermelho, Piso 1, sala 103, Vila Nova, Novo Hamburgo, RS CEP 93525-075, Brazil.
  • Mosena ACS; Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Rodovia ERS-239, N° 2755, Prédio Vermelho, Piso 1, sala 103, Vila Nova, Novo Hamburgo, RS CEP 93525-075, Brazil.
  • Pereira VMAG; Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Rodovia ERS-239, N° 2755, Prédio Vermelho, Piso 1, sala 103, Vila Nova, Novo Hamburgo, RS CEP 93525-075, Brazil.
  • Hansen AW; Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Rodovia ERS-239, N° 2755, Prédio Vermelho, Piso 1, sala 103, Vila Nova, Novo Hamburgo, RS CEP 93525-075, Brazil.
  • Weber MN; Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Rodovia ERS-239, N° 2755, Prédio Vermelho, Piso 1, sala 103, Vila Nova, Novo Hamburgo, RS CEP 93525-075, Brazil.
  • de Almeida PR; Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Rodovia ERS-239, N° 2755, Prédio Vermelho, Piso 1, sala 103, Vila Nova, Novo Hamburgo, RS CEP 93525-075, Brazil.
  • Fleck JD; Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Rodovia ERS-239, N° 2755, Prédio Vermelho, Piso 1, sala 103, Vila Nova, Novo Hamburgo, RS CEP 93525-075, Brazil.
  • Bó AGBLD; Serviço de Controle de Infecção Hospitalar do Virvi Ramos, Caxias do Sul, RS, Brazil; IMMUNESHARE - MCTI Trial, Brazil; Programa de Pós-Graduação em Saúde Coletiva, Universidade do Vale dos Sinos (UNISINOS), São Leopoldo, RS, Brazil.
  • Jones MH; IMMUNESHARE - MCTI Trial, Brazil; Pesquisador do Hospital Moinhos de Vento, Porto Alegre, RS, Brazil.
  • Friedrich F; IMMUNESHARE - MCTI Trial, Brazil; Programa de Pós-Graduação em Medicina Pediátrica e Saúde da Criança, Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (PUCRS), Porto Alegre, RS, Brazil; Pesquisador do Hospital Moinhos de Vento, Porto Alegre, RS, Brazil.
  • Filho LA; IMMUNESHARE - MCTI Trial, Brazil; Instituto Estadual de Hematologia Arthur de Siqueira Cavalcanti (HEMORIO), Rio de Janeiro, RJ, Brazil.
  • Klamt F; IMMUNESHARE - MCTI Trial, Brazil; Laboratório de Bioquímica Celular, Departamento de Bioquímica, ICBS/UFRGS, Porto Alegre, RS, Brazil.
  • Spilki FR; Universidade Feevale, Laboratório de Microbiologia Molecular, Rodovia ERS-239, N° 2755, Prédio Vermelho, Piso 1, sala 103, Vila Nova, Novo Hamburgo, RS CEP 93525-075, Brazil.
Virus Res ; 321: 198907, 2022 Nov.
Article in English | MEDLINE | ID: covidwho-2004601
ABSTRACT
Recently, SARS-CoV-2 Omicron variant (B.1.1.529) was first identified in Botswana in November 2021. In a short period of time, this highly mutated variant replaced the previous dominant Delta variant, causing an exponential increase in the number of COVID-19 cases, resulting in a new wave of pandemic. This current research article aims to analyze and summarize information about the genetic characteristics, amino acid mutations and epidemiological data providing scientific findings to enrich the SARS-CoV-2 knowledge. More importantly, we describe here, for the first time, the identification of a new Omicron variant of concern Omicron-L452R in Brazil.
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Full text: Available Collection: International databases Database: MEDLINE Main subject: SARS-CoV-2 / COVID-19 Type of study: Observational study Topics: Variants Limits: Humans Country/Region as subject: South America / Brazil Language: English Journal: Virus Res Journal subject: Virology Year: 2022 Document Type: Article

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