Your browser doesn't support javascript.
Phylodynamic analysis of SARS-CoV-2 spread in Rio de Janeiro, Brazil, highlights how metropolitan areas act as dispersal hubs for new variants.
Lamarca, Alessandra Pavan; de Almeida, Luiz G P; Francisco, Ronaldo da Silva; Cavalcante, Liliane; Brustolini, Otávio; Gerber, Alexandra L; Guimarães, Ana Paula de C; de Oliveira, Thiago Henrique; Dos Santos Nascimento, Érica Ramos; Policarpo, Cintia; de Souza, Isabelle Vasconcellos; de Carvalho, Erika Martins; Ribeiro, Mario Sergio; Carvalho, Silvia; Dias da Silva, Flávio; de Oliveira Garcia, Marcio Henrique; de Souza, Leandro Magalhães; Da Silva, Cristiane Gomes; Ribeiro, Caio Luiz Pereira; Cavalcanti, Andréa Cony; de Mello, Claudia Maria Braga; Tanuri, Amilcar; Vasconcelos, Ana Tereza R de.
  • Lamarca AP; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Brazil.
  • de Almeida LGP; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Brazil.
  • Francisco RDS; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Brazil.
  • Cavalcante L; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Brazil.
  • Brustolini O; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Brazil.
  • Gerber AL; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Brazil.
  • Guimarães APC; Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis, Brazil.
  • de Oliveira TH; Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.
  • Dos Santos Nascimento ÉR; Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.
  • Policarpo C; Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.
  • de Souza IV; Unidades de Apoio ao Diagnóstico da Covid-19, Rio de Janeiro, Brazil.
  • de Carvalho EM; Unidades de Apoio ao Diagnóstico da Covid-19, Rio de Janeiro, Brazil.
  • Ribeiro MS; Secretaria Estadual de Saúde do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.
  • Carvalho S; Secretaria Estadual de Saúde do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.
  • Dias da Silva F; Secretaria Municipal de Saúde Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.
  • de Oliveira Garcia MH; Secretaria Municipal de Saúde Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.
  • de Souza LM; Laboratório Central de Saúde Pública Noel Nutels, Rio de Janeiro, Brazil.
  • Da Silva CG; Laboratório Central de Saúde Pública Noel Nutels, Rio de Janeiro, Brazil.
  • Ribeiro CLP; Secretaria Municipal de Saúde Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.
  • Cavalcanti AC; Laboratório Central de Saúde Pública Noel Nutels, Rio de Janeiro, Brazil.
  • de Mello CMB; Departamento de Virologia, Instituto de Microbiologia Paulo de Góes, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.
  • Tanuri A; Secretaria Estadual de Saúde do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.
  • Vasconcelos ATR; Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.
Microb Genom ; 8(9)2022 09.
Article in English | MEDLINE | ID: covidwho-2029182
ABSTRACT
During the first semester of 2021, all of Brazil has suffered an intense wave of COVID-19 associated with the Gamma variant. In July, the first cases of Delta variant were detected in the state of Rio de Janeiro. In this work, we have employed phylodynamic methods to analyse more than 1 600 genomic sequences of Delta variant collected until September in Rio de Janeiro to reconstruct how this variant has surpassed Gamma and dispersed throughout the state. After the introduction of Delta, it has initially spread mostly in the homonymous city of Rio de Janeiro, the most populous of the state. In a second stage, dispersal occurred to mid- and long-range cities, which acted as new close-range hubs for spread. We observed that the substitution of Gamma by Delta was possibly caused by its higher viral load, a proxy for transmissibility. This variant turnover prompted a new surge in cases, but with lower lethality than was observed during the peak caused by Gamma. We reason that high vaccination rates in the state of Rio de Janeiro were possibly what prevented a higher number of deaths.
Subject(s)
Keywords

Full text: Available Collection: International databases Database: MEDLINE Main subject: SARS-CoV-2 / COVID-19 Type of study: Observational study Topics: Vaccines / Variants Limits: Humans Country/Region as subject: South America / Brazil Language: English Year: 2022 Document Type: Article Affiliation country: Mgen.0.000859

Similar

MEDLINE

...
LILACS

LIS


Full text: Available Collection: International databases Database: MEDLINE Main subject: SARS-CoV-2 / COVID-19 Type of study: Observational study Topics: Vaccines / Variants Limits: Humans Country/Region as subject: South America / Brazil Language: English Year: 2022 Document Type: Article Affiliation country: Mgen.0.000859