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Metagenomic analysis reveals differences in the co-occurrence and abundance of viral species in SARS-CoV-2 patients with different severity of disease.
Isa, Pavel; Taboada, Blanca; García-López, Rodrigo; Boukadida, Celia; Ramírez-González, José Ernesto; Vázquez-Pérez, Joel Armando; Hernández-Terán, Alejandra; Romero-Espinoza, José Ángel; Muñoz-Medina, José Esteban; Grajales-Muñiz, Concepción; Rincón-Rubio, Alma; Matías-Florentino, Margarita; Sanchez-Flores, Alejandro; Mendieta-Condado, Edgar; Barrera-Badillo, Gisela; López, Susana; Hernández-Rivas, Lucía; López-Martínez, Irma; Ávila-Ríos, Santiago; Arias, Carlos F.
  • Isa P; Departamento de Genética del Desarrollo y Fisiología Molecular, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, Morelos, Mexico. pavel.isa@ibt.unam.mx.
  • Taboada B; Departamento de Genética del Desarrollo y Fisiología Molecular, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, Morelos, Mexico.
  • García-López R; Departamento de Genética del Desarrollo y Fisiología Molecular, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, Morelos, Mexico.
  • Boukadida C; Centro de Investigación en Enfermedades Infecciosas, Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias Ismael Cosío Villegas, Mexico City, Mexico.
  • Ramírez-González JE; Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos, Dirección General de Epidemiología, Ciudad de Mexico, Mexico.
  • Vázquez-Pérez JA; Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias Ismael Cosío Villegas, Mexico City, Mexico.
  • Hernández-Terán A; Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias Ismael Cosío Villegas, Mexico City, Mexico.
  • Romero-Espinoza JÁ; Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias Ismael Cosío Villegas, Mexico City, Mexico.
  • Muñoz-Medina JE; Coordinación de Calidad de Insumos y Laboratorios Especializados, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City, Mexico.
  • Grajales-Muñiz C; Coordinación de Calidad de Insumos y Laboratorios Especializados, Instituto Mexicano del Seguro Social, Mexico City, Mexico.
  • Rincón-Rubio A; Centro de Investigación en Enfermedades Infecciosas, Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias Ismael Cosío Villegas, Mexico City, Mexico.
  • Matías-Florentino M; Centro de Investigación en Enfermedades Infecciosas, Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias Ismael Cosío Villegas, Mexico City, Mexico.
  • Sanchez-Flores A; Unidad Universitaria de Secuenciación Masiva y Bioinformática, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, Morelos, Mexico.
  • Mendieta-Condado E; Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos, Dirección General de Epidemiología, Ciudad de Mexico, Mexico.
  • Barrera-Badillo G; Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos, Dirección General de Epidemiología, Ciudad de Mexico, Mexico.
  • López S; Departamento de Genética del Desarrollo y Fisiología Molecular, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, Morelos, Mexico.
  • Hernández-Rivas L; Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos, Dirección General de Epidemiología, Ciudad de Mexico, Mexico.
  • López-Martínez I; Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos, Dirección General de Epidemiología, Ciudad de Mexico, Mexico.
  • Ávila-Ríos S; Centro de Investigación en Enfermedades Infecciosas, Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias Ismael Cosío Villegas, Mexico City, Mexico.
  • Arias CF; Departamento de Genética del Desarrollo y Fisiología Molecular, Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, Morelos, Mexico.
BMC Infect Dis ; 22(1): 792, 2022 Oct 19.
Article in English | MEDLINE | ID: covidwho-2079396
ABSTRACT

BACKGROUND:

SARS-CoV-2 infections have a wide spectrum of clinical manifestations whose causes are not completely understood. Some human conditions predispose to severe outcome, like old age or the presence of comorbidities, but many other facets, including coinfections with other viruses, remain poorly characterized.

METHODS:

In this study, the eukaryotic fraction of the respiratory virome of 120 COVID-19 patients was characterized through whole metagenomic sequencing.

RESULTS:

Genetic material from respiratory viruses was detected in 25% of all samples, whereas human viruses other than SARS-CoV-2 were found in 80% of them. Samples from hospitalized and deceased patients presented a higher prevalence of different viruses when compared to ambulatory individuals. Small circular DNA viruses from the Anneloviridae (Torque teno midi virus 8, TTV-like mini virus 19 and 26) and Cycloviridae families (Human associated cyclovirus 10), Human betaherpesvirus 6, were found to be significantly more abundant in samples from deceased and hospitalized patients compared to samples from ambulatory individuals. Similarly, Rotavirus A, Measles morbillivirus and Alphapapilomavirus 10 were significantly more prevalent in deceased patients compared to hospitalized and ambulatory individuals.

CONCLUSIONS:

Results show the suitability of using metagenomics to characterize a broader peripheric virological landscape of the eukaryotic virome in SARS-CoV-2 infected patients with distinct disease outcomes. Identified prevalent viruses in hospitalized and deceased patients may prove important for the targeted exploration of coinfections that may impact prognosis.
Subject(s)
Keywords

Full text: Available Collection: International databases Database: MEDLINE Main subject: Viruses / Coinfection / COVID-19 Type of study: Observational study / Prognostic study Limits: Humans Language: English Journal: BMC Infect Dis Journal subject: Communicable Diseases Year: 2022 Document Type: Article Affiliation country: S12879-022-07783-8

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Full text: Available Collection: International databases Database: MEDLINE Main subject: Viruses / Coinfection / COVID-19 Type of study: Observational study / Prognostic study Limits: Humans Language: English Journal: BMC Infect Dis Journal subject: Communicable Diseases Year: 2022 Document Type: Article Affiliation country: S12879-022-07783-8