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Monitoring the Establishment of VOC Gamma in Minas Gerais, Brazil: A Retrospective Epidemiological and Genomic Surveillance Study.
Alves, Hugo José; de Araújo, João Locke Ferreira; Fonseca, Paula Luize Camargos; Moreira, Filipe Romero Rebello; Bonfim, Diego Menezes; Queiroz, Daniel Costa; Miguita, Lucyene; de Souza, Rafael Marques; Geddes, Victor Emmanuel Viana; Costa, Walyson Coelho; Oliveira, Jaqueline Silva de; Medeiros, Eva Lídia Arcoverde; Souza, Carolina Senra Alves de; Saliba, Juliana Wilke; Menezes, André Luiz; Oliveira, Eneida Santos de; Adelino, Talita Emile Ribeiro; Guimaraes, Natalia Rocha; Ribeiro, Adriana Aparecida; Moreira, Rennan Garcias; Zauli, Danielle Alves Gomes; Silva, Joice do Prado; Malta, Frederico Scott Varella; Ferreira, Alessandro Clayton de Souza; Silva, Ana Valesca Fernandes Gilson; Alfenas-Zerbini, Poliane; Souza, Flavia Oliveira de; Sabino, Adriano de Paula; Xavier, Laura do Amaral; Carobin, Natália Virtude; Carvalho, Alex Fiorini de; Lourenço, Karine Lima; Teixeira, Santuza Maria Ribeiro; Fernandes, Ana Paula Salles Moura; Fonseca, Flavio Guimarães da; Abrahão, Jônatas Santos; Iani, Felipe Campos de Melo; Rodrigues, Rodrigo Araújo Lima; Souza, Renan Pedra de; Aguiar, Renato Santana.
  • Alves HJ; Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
  • de Araújo JLF; Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
  • Fonseca PLC; Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
  • Moreira FRR; Laboratório de Virologia Molecular, Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro 21941-901, Brazil.
  • Bonfim DM; Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
  • Queiroz DC; Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
  • Miguita L; Departamento de Patologia, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
  • de Souza RM; Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
  • Geddes VEV; Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
  • Costa WC; Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
  • Oliveira JS; Subsecretaria de Vigilância em Saúde, Secretaria de Estado de Saúde de Minas Gerais, Belo Horizonte 31585-200, Brazil.
  • Medeiros ELA; Subsecretaria de Vigilância em Saúde, Secretaria de Estado de Saúde de Minas Gerais, Belo Horizonte 31585-200, Brazil.
  • Souza CSA; Pan American Health Organization-PAHO, Brasilia 70312-970, Brazil.
  • Saliba JW; Pan American Health Organization-PAHO, Brasilia 70312-970, Brazil.
  • Menezes AL; Secretaria Municipal de Saúde, Prefeitura de Belo Horizonte, Belo Horizonte 30130-040, Brazil.
  • Oliveira ES; Secretaria Municipal de Saúde, Prefeitura de Belo Horizonte, Belo Horizonte 30130-040, Brazil.
  • Adelino TER; Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte 30510-010, Brazil.
  • Guimaraes NR; Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte 30510-010, Brazil.
  • Ribeiro AA; Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte 30510-010, Brazil.
  • Moreira RG; Centro de Laboratórios Multiusuários, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
  • Zauli DAG; Instituto Hermes Pardini, Belo Horizonte 30140-070, Brazil.
  • Silva JDP; Instituto Hermes Pardini, Belo Horizonte 30140-070, Brazil.
  • Malta FSV; Instituto Hermes Pardini, Belo Horizonte 30140-070, Brazil.
  • Ferreira ACS; Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
  • Silva AVFG; Escola de Saúde Pública de Betim, Secretaria Municipal de Saúde, Prefeitura de Betim, Betim 32600-412, Brazil.
  • Alfenas-Zerbini P; Laboratório de Vírus, Departamento de Microbiologia, Instituto de Biotecnologia Aplicada à Agropecuária, Universidade Federal de Viçosa, Viçosa 36570-900, Brazil.
  • Souza FO; Laboratório de Vírus, Departamento de Microbiologia, Instituto de Biotecnologia Aplicada à Agropecuária, Universidade Federal de Viçosa, Viçosa 36570-900, Brazil.
  • Sabino AP; Laboratório de Institucional de Pesquisa em Biomarcadores, LINBIO, Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas, Faculdade de Farmácia, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
  • Xavier LDA; Laboratório de Institucional de Pesquisa em Biomarcadores, LINBIO, Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas, Faculdade de Farmácia, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
  • Carobin NV; Laboratório de Institucional de Pesquisa em Biomarcadores, LINBIO, Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas, Faculdade de Farmácia, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
  • Carvalho AF; Centro de Tecnologia de Vacinas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31310-260, Brazil.
  • Lourenço KL; Centro de Tecnologia de Vacinas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31310-260, Brazil.
  • Teixeira SMR; Centro de Tecnologia de Vacinas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31310-260, Brazil.
  • Fernandes APSM; Centro de Tecnologia de Vacinas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31310-260, Brazil.
  • Fonseca FGD; Centro de Tecnologia de Vacinas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31310-260, Brazil.
  • Abrahão JS; Laboratório de Vírus, Departamento de Microbiologia, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31279-901, Brazil.
  • Iani FCM; Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte 30510-010, Brazil.
  • Rodrigues RAL; Laboratório de Vírus, Departamento de Microbiologia, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31279-901, Brazil.
  • Souza RP; Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
  • Aguiar RS; Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil.
Viruses ; 14(12)2022 12 09.
Article in English | MEDLINE | ID: covidwho-2155314
ABSTRACT
Since its first identification in Brazil, the variant of concern (VOC) Gamma has been associated with increased infection and transmission rates, hospitalizations, and deaths. Minas Gerais (MG), the second-largest populated Brazilian state with more than 20 million inhabitants, observed a peak of cases and deaths in March-April 2021. We conducted a surveillance study in 1240 COVID-19-positive samples from 305 municipalities distributed across MG's 28 Regional Health Units (RHU) between 1 March to 27 April 2021. The most common variant was the VOC Gamma (71.2%), followed by the variant of interest (VOI) zeta (12.4%) and VOC alpha (9.6%). Although the predominance of Gamma was found in most of the RHUs, clusters of Zeta and Alpha variants were observed. One Alpha-clustered RHU has a history of high human mobility from countries with Alpha predominance. Other less frequent lineages, such as P.4, P.5, and P.7, were also identified. With our genomic characterization approach, we estimated the introduction of Gamma on 7 January 2021, at RHU Belo Horizonte. Differences in mortality between the Zeta, Gamma and Alpha variants were not observed. We reinforce the importance of vaccination programs to prevent severe cases and deaths during transmission peaks.
Subject(s)
Keywords

Full text: Available Collection: International databases Database: MEDLINE Main subject: COVID-19 Type of study: Observational study / Prognostic study Topics: Vaccines / Variants Limits: Humans Country/Region as subject: South America / Brazil Language: English Year: 2022 Document Type: Article Affiliation country: V14122747

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Full text: Available Collection: International databases Database: MEDLINE Main subject: COVID-19 Type of study: Observational study / Prognostic study Topics: Vaccines / Variants Limits: Humans Country/Region as subject: South America / Brazil Language: English Year: 2022 Document Type: Article Affiliation country: V14122747