Seasonal incidence of respiratory viral infections in Telangana, India: utility of a multiplex PCR assay to bridge the knowledge gap.

ABSTRACT

OBJECTIVE: The diagnosis of acute viral respiratory tract infections (RTI) is a challenge due to overlapping clinical presentations and lack of availability of robust diagnostic methods. This in turn leads to lack of data regarding incidence and seasonality of viral RTIs which could potentially help to implement efficient strategies of antimicrobial stewardship as well as vaccine administration. Here we utilise a commercial Multiplex PCR assay for the early diagnosis of acute respiratory tract infections and discuss their epidemiology. METHODS: A prospective, observational study was conducted over a period of 3 years (2017-2019). Respiratory samples received from outpatients and inpatients with suspected acute RTIs from three multispeciality hospitals located in the twin cities of Hyderabad-Secunderabad were subjected to FilmArray Respiratory Panel (RP) (BioFire Diagnostics, Salt Lake City, Utah, USA). Results were tabulated and statistically analysed. RESULTS: Of 513 samples, 261 (50.9%) were positive for one or more pathogens. The viruses detected included influenza A H1 2009 (26.0%), human rhinovirus/enterovirus (21.5%), influenza A H3N2 (17.0%), human metapneumovirus (9.4%), influenza B (6.6%), coronavirus (4.9%), parainfluenza virus (4.5%), respiratory syncytial virus (3.1%) and adenovirus (2.1%). The largest number of samples was positive during the monsoon season (43.8%). Influenza A H1 2009 peaked in the monsoon season with another, smaller peak in February. CONCLUSIONS: There is a bimodal peak of respiratory infections relative to the seasons, and vaccine administration should take place in April-May before the advent of the monsoons in this part of the country. Multiplexed PCR may be used as first line for diagnosis of viral infections so that infection control measures can be prioritised and antibiotic administration can be avoided in those who do not require it.

OBJECTIF Le diagnostic des infections des voies respiratoires (IVR) virales aiguës est un défi en raison de la superposition des présentations cliniques et du manque de disponibilité de méthodes de diagnostic robustes. Cela conduit à son tour à un manque de données concernant l'incidence et la saisonnalité des IVR virales qui pourraient potentiellement aider à mettre en œuvre des stratégies efficaces de prise en charge antimicrobienne ainsi que l'administration des vaccins. Ici, nous utilisons un test PCR Multiplex commercial pour le diagnostic précoce des IVR aiguës et discutons de leur épidémiologie. MÉTHODES Une étude prospective et observationnelle a été menée sur une période de 3 ans (2017-2019). Les échantillons respiratoires reçus de patients ambulatoires et hospitalisés avec suspicion d'IVR aiguë de 3 hôpitaux à multi spécialités situés dans les villes jumelles d'Hyderabad-Secunderabad ont été soumis au test FilmArray Respiratory Panel (RP) (BioFire Diagnostics, Inc.). Les résultats ont été compilés et analysés statistiquement. RÉSULTATS Sur 513 échantillons, 261 (50,9%) étaient positifs pour un ou plusieurs agents pathogènes. Les virus détectés comprenaient Influenza A-H1 2009 (26,0 %), le rhinovirus/entérovirus humain (21,5% ), Influenza A-H3N2 (17,0%), le métapneumovirus humain (9,4 %), Influenza B (6,6 %), le coronavirus (4,9 %), le virus para-influenza (4,5 %), le virus respiratoire syncytial (3,1 %) et l'adénovirus (2,1 %). Le plus grand nombre d'échantillons était positif pendant la saison de la mousson (43,8%). Influenza A-H1 2009 a culminé pendant la saison de la mousson avec un autre pic moins élevé en février. CONCLUSIONS: Il existe un pic bimodal des infections respiratoires associé aux saisons, et l'administration du vaccin devrait avoir lieu en avril-mai avant l'avènement des moussons dans cette partie du pays. La PCR Multiplex peut être utilisée en première intention pour le diagnostic des infections virales afin que les mesures de contrôle des infections puissent être priorisées et que l'administration d'antibiotiques puisse être évitée chez ceux qui n'en ont pas besoin.