Диагностика вируса, вызывающего COVID-19, методом ПЦР в реальном времени

ABSTRACT

Aim: the study was aimed to develop a reagent kit for the real-time RT-PCR diagnostics of virus causing COVID-19. Materials and Methods. Three target sites were chosen in the genome SARS-CoV-2. The testing included 220 samples, 48 artificially created positive samples (made from patients’ biomaterial) and 172 clinical samples (scrapes from nasal and pharyngeal cavities, bronchoalveolar lavage, expectoration, endotracheal/nasopharyngeal aspirate, feces, post-mortem material), obtained from two medical centers. Preliminary, the obtained biomaterial was analyzed with a reagent kit of comparison. The evaluation was performed with a confidential interval CI 95%. The calculation of CI for the sensitivity and specificity was made based on the distribution of χ2. Results. The authors developed a technology of novel coronavirus infection (COVID-19) real-time RT-PCR diagnostics for the application in practical healthcare and proposed the variants of testing at all the stages (preanalytical, analytical, and post-analytical, including automated results processing). The proposed reagent kit meets the requirements of the World Health Organization and the Ministry of Healthcare of the Russian Federation. The study results demonstrated high sensitivity and specificity. The sensitivity was 100% (95% CI) 95.6–100%;the specificity was 100% (95% CI) 96.7–100%. Conclusion. The proposed reagent kit was registered in the RF as a medical product;the registration certificate No. RZN 2020/9948 dated 01.04.2020. The application of the reagent kit in network laboratories will provide patients with access to testing for the virus causing COVID-19 and contribute to quick differential diagnostics, improvement of pandemic control, and accurate statistics on the spread of the virus. (English) [ABSTRACT FROM AUTHOR] Цель – разработка набора реагентов для диагностики вируса, вызывающего COVID-19, методом ПЦР в реальном времени. Материалы и методы. В качестве мишеней были выбраны три участка генома SARS-CoV-2. Тестирование выполнено на 220 образ- цах – 48 положительных образцах, искусственно созданных из биоматериала пациентов, и 172 клинических образцах (соскобы из полости носа и зева, бронхоальвеолярный лаваж, мокрота, эндотрахеальный/назофарингеальный аспират, фекалии, аутопсийный материал) из двух медицинских центров. Предварительно биоматериал был проанализирован с использованием набора сравнения. Оценка проводилась с доверительным интервалом 95%. Расчет доверительных интервалов для чувствительности и специфичности осуществлялся на основании распределения χ2. Результаты. Для использования в практическом здравоохранении разработана технология диагностики новой коронавирусной ин- фекции (COVID-19) методом ПЦР в реальном времени, предложены конкретные варианты проведения всех этапов тестирования – преаналитического, аналитического и постаналитического, включая автоматизированную обработку результата. Исследуемый набор реагентов соответствует рекомендациям ВОЗ и МЗ РФ. Испытания продемонстрировали высокую чувствительность и специфич- ность чувствительность составила 100% (95%-й доверительный интервал) 95,6–100%;специфичность составила 100% (95%-й до- верительный интервал) 96,7–100%. Заключение. Набор реагентов зарегистрирован в РФ как медицинское изделие, регистрационное удостоверение № РЗН 2020/9948 от 01.04.2020. Использование его сетевыми лабораториями позволит обеспечить массовый доступ пациентов к тестированию на вирус, вызывающий COVID-19, способствуя быстрому получению результата дифференциальной диагностики, улучшению контроля над пандемией, получению корректной статистики распространения вируса. (Russian) [ABSTRACT FROM AUTHOR] Copyright of Pharmacoeconomic;Modern Pharmacoeconomics & Pharmacoepidemiology is the property of LLC IRBIS and its content may not be copied or emailed to multiple sites or posted to a listserv without the copyright holder's express written permission. However, users may print, download, or email articles for individual use. This abstract may be abridged. No warranty is given about the accuracy of the copy. Users should refer to the original published version of the material for the full abstract. (Copyright applies to all Abstracts.)