Cet article est une Preprint
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Structural and functional characterization of NEMO cleavage by SARS-CoV-2 3CLpro (preprint)
biorxiv; 2021.
Preprint
Dans Anglais
| bioRxiv | ID: ppzbmed-10.1101.2021.11.11.468228
ABSTRACT
In addition to its essential role in viral polyprotein processing, the SARS-CoV-2 3C-like (3CLpro) protease can cleave human immune signaling proteins, like NF-{kappa}B Essential Modulator (NEMO) and deregulate the host immune response. Here, in vitro assays show that SARS-CoV-2 3CLpro cleaves NEMO with fine-tuned efficiency. Analysis of the 2.14 [A] resolution crystal structure of 3CLpro C145S bound to NEMO226-235 reveals subsites that tolerate a range of viral and host substrates through main chain hydrogen bonds while also enforcing specificity using side chain hydrogen bonds and hydrophobic contacts. Machine learning- and physics-based computational methods predict that variation in key binding residues of 3CLpro-NEMO helps explain the high fitness of SARS-CoV-2 in humans. We posit that cleavage of NEMO is an important piece of information to be accounted for in the pathology of COVID-19.
Texte intégral:
Disponible
Collection:
Preprints
Base de données:
bioRxiv
Sujet Principal:
COVID-19
langue:
Anglais
Année:
2021
Type de document:
Preprint
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