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1.
Scoring protein sequence alignments using deep learning.
Bioinformatics
; 38(11): 2988-2995, 2022 05 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35385080
2.
DISTEVAL: a web server for evaluating predicted protein distances.
BMC Bioinformatics
; 22(1): 8, 2021 Jan 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33407077
3.
DEEPCON: protein contact prediction using dilated convolutional neural networks with dropout.
Bioinformatics
; 36(2): 470-477, 2020 01 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31359036
4.
Analysis of several key factors influencing deep learning-based inter-residue contact prediction.
Bioinformatics
; 36(4): 1091-1098, 2020 02 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31504181
5.
Deep Learning-Based Advances in Protein Structure Prediction.
Int J Mol Sci
; 22(11)2021 May 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34074028
6.
SAXSDom: Modeling multidomain protein structures using small-angle X-ray scattering data.
Proteins
; 88(6): 775-787, 2020 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31860156
7.
DNCON2: improved protein contact prediction using two-level deep convolutional neural networks.
Bioinformatics
; 34(9): 1466-1472, 2018 05 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29228185
8.
DeepSF: deep convolutional neural network for mapping protein sequences to folds.
Bioinformatics
; 34(8): 1295-1303, 2018 04 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29228193
9.
Identification and localization of Tospovirus genus-wide conserved residues in 3D models of the nucleocapsid and the silencing suppressor proteins.
Virol J
; 16(1): 7, 2019 01 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30634979
10.
CONFOLD2: improved contact-driven ab initio protein structure modeling.
BMC Bioinformatics
; 19(1): 22, 2018 01 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29370750
11.
Protein contact prediction by integrating deep multiple sequence alignments, coevolution and machine learning.
Proteins
; 86 Suppl 1: 84-96, 2018 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29047157
12.
QAcon: single model quality assessment using protein structural and contact information with machine learning techniques.
Bioinformatics
; 33(4): 586-588, 2017 02 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28035027
13.
Improved protein structure reconstruction using secondary structures, contacts at higher distance thresholds, and non-contacts.
BMC Bioinformatics
; 18(1): 380, 2017 Aug 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28851269
14.
Deep learning methods for protein torsion angle prediction.
BMC Bioinformatics
; 18(1): 417, 2017 Sep 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28923002
15.
FRAGSION: ultra-fast protein fragment library generation by IOHMM sampling.
Bioinformatics
; 32(13): 2059-61, 2016 07 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27153697
16.
ConEVA: a toolbox for comprehensive assessment of protein contacts.
BMC Bioinformatics
; 17(1): 517, 2016 Dec 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27923350
17.
Massive integration of diverse protein quality assessment methods to improve template based modeling in CASP11.
Proteins
; 84 Suppl 1: 247-59, 2016 09.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26369671
18.
Chromosome3D: reconstructing three-dimensional chromosomal structures from Hi-C interaction frequency data using distance geometry simulated annealing.
BMC Genomics
; 17(1): 886, 2016 11 07.
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| MEDLINE | ID: mdl-27821047
19.
Large-scale model quality assessment for improving protein tertiary structure prediction.
Bioinformatics
; 31(12): i116-23, 2015 Jun 15.
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| MEDLINE | ID: mdl-26072473
20.
CONFOLD: Residue-residue contact-guided ab initio protein folding.
Proteins
; 83(8): 1436-49, 2015 Aug.
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| MEDLINE | ID: mdl-25974172