Detalles de la búsqueda
1.
Macromolecular modeling and design in Rosetta: recent methods and frameworks.
Nat Methods
; 17(7): 665-680, 2020 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32483333
2.
CoV3D: a database of high resolution coronavirus protein structures.
Nucleic Acids Res
; 49(D1): D282-D287, 2021 01 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32890396
3.
Kinase-mediated changes in nucleosome conformation trigger chromatin decondensation via poly(ADP-ribosyl)ation.
Mol Cell
; 53(5): 831-42, 2014 Mar 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24508391
4.
Modeling Immunity with Rosetta: Methods for Antibody and Antigen Design.
Biochemistry
; 60(11): 825-846, 2021 03 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33705117
5.
Better together: Elements of successful scientific software development in a distributed collaborative community.
PLoS Comput Biol
; 16(5): e1007507, 2020 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32365137
6.
RosettaAntibodyDesign (RAbD): A general framework for computational antibody design.
PLoS Comput Biol
; 14(4): e1006112, 2018 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29702641
7.
Residue-centric modeling and design of saccharide and glycoconjugate structures.
J Comput Chem
; 38(5): 276-287, 2017 02 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27900782
8.
PyIgClassify: a database of antibody CDR structural classifications.
Nucleic Acids Res
; 43(Database issue): D432-8, 2015 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25392411
9.
EGGNet, a Generalizable Geometric Deep Learning Framework for Protein Complex Pose Scoring.
ACS Omega
; 9(7): 7471-7479, 2024 Feb 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38405499
10.
Complete Combinatorial Mutational Enumeration of a protein functional site enables sequence-landscape mapping and identifies highly-mutated variants that retain activity.
Res Sq
; 2023 Sep 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36482980
11.
Computational design of nanomolar-binding antibodies specific to multiple SARS-CoV-2 variants by engineering a specificity switch of antibody 80R using RosettaAntibodyDesign (RAbD) results in potential generalizable therapeutic antibodies for novel SARS-CoV-2 virus.
Heliyon
; 9(4): e15032, 2023 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37035348
12.
Corrigendum to "Computational design of nanomolar-binding antibodies specific to multiple SARS-CoV-2 variants by engineering a specificity switch of antibody 80R using RosettaAntibodyDesign (RAbD) results in potential generalizable therapeutic antibodies for novel SARS-CoV-2 virus" [Heliyon 9(4) (April 2023) e15032].
Heliyon
; 9(8): e17901, 2023 Aug.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37701412
13.
Computational design of a neutralizing antibody with picomolar binding affinity for all concerning SARS-CoV-2 variants.
MAbs
; 14(1): 2021601, 2022.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35030983
14.
Nucleic acid delivery of immune-focused SARS-CoV-2 nanoparticles drives rapid and potent immunogenicity capable of single-dose protection.
Cell Rep
; 38(5): 110318, 2022 02 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35090597
15.
Human Alzheimer's disease synaptic O-GlcNAc site mapping and iTRAQ expression proteomics with ion trap mass spectrometry.
Amino Acids
; 40(3): 765-79, 2011 Mar.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20563614
16.
Toward complete rational control over protein structure and function through computational design.
Curr Opin Struct Biol
; 66: 170-177, 2021 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33276237
17.
Development and Evaluation of GlycanDock: A Protein-Glycoligand Docking Refinement Algorithm in Rosetta.
J Phys Chem B
; 2021 Jun 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34133179
18.
Biochemical and structural characterization of two cif-like epoxide hydrolases from Burkholderia cenocepacia.
Curr Res Struct Biol
; 3: 72-84, 2021.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34235487
19.
PyRosetta Jupyter Notebooks Teach Biomolecular Structure Prediction and Design.
Biophysicist (Rockv)
; 2(1): 108-122, 2021 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35128343
20.
Ensuring scientific reproducibility in bio-macromolecular modeling via extensive, automated benchmarks.
Nat Commun
; 12(1): 6947, 2021 11 29.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34845212