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1.
ProsperousPlus: a one-stop and comprehensive platform for accurate protease-specific substrate cleavage prediction and machine-learning model construction.
Brief Bioinform
; 24(6)2023 09 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37874948
2.
ResNetKhib: a novel cell type-specific tool for predicting lysine 2-hydroxyisobutylation sites via transfer learning.
Brief Bioinform
; 24(2)2023 03 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36880172
3.
SMG: self-supervised masked graph learning for cancer gene identification.
Brief Bioinform
; 24(6)2023 09 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37950905
4.
iAMPCN: a deep-learning approach for identifying antimicrobial peptides and their functional activities.
Brief Bioinform
; 24(4)2023 07 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37369638
5.
DiCleave: a deep learning model for predicting human Dicer cleavage sites.
BMC Bioinformatics
; 25(1): 13, 2024 Jan 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38195423
6.
Critical assessment of computational tools for prokaryotic and eukaryotic promoter prediction.
Brief Bioinform
; 23(2)2022 03 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35021193
7.
PFresGO: an attention mechanism-based deep-learning approach for protein annotation by integrating gene ontology inter-relationships.
Bioinformatics
; 39(3)2023 03 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36794913
8.
iFeatureOmega: an integrative platform for engineering, visualization and analysis of features from molecular sequences, structural and ligand data sets.
Nucleic Acids Res
; 50(W1): W434-W447, 2022 07 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35524557
9.
eSPRESSO: topological clustering of single-cell transcriptomics data to reveal informative genes for spatio-temporal architectures of cells.
BMC Bioinformatics
; 24(1): 252, 2023 Jun 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37322439
10.
Computational identification of eukaryotic promoters based on cascaded deep capsule neural networks.
Brief Bioinform
; 22(4)2021 07 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33227813
11.
Assessing the performance of computational predictors for estimating protein stability changes upon missense mutations.
Brief Bioinform
; 22(6)2021 11 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34058752
12.
DeepVF: a deep learning-based hybrid framework for identifying virulence factors using the stacking strategy.
Brief Bioinform
; 22(3)2021 05 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32599617
13.
DeepBL: a deep learning-based approach for in silico discovery of beta-lactamases.
Brief Bioinform
; 22(4)2021 07 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33212503
14.
Anthem: a user customised tool for fast and accurate prediction of binding between peptides and HLA class I molecules.
Brief Bioinform
; 22(5)2021 09 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33454737
15.
MSNet-4mC: learning effective multi-scale representations for identifying DNA N4-methylcytosine sites.
Bioinformatics
; 38(23): 5160-5167, 2022 11 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36205602
16.
Identification of periodic attractors in Boolean networks using a priori information.
PLoS Comput Biol
; 18(1): e1009702, 2022 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35030172
17.
Codependency and mutual exclusivity for gene community detection from sparse single-cell transcriptome data.
Nucleic Acids Res
; 49(18): e104, 2021 10 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34291282
18.
iLearnPlus: a comprehensive and automated machine-learning platform for nucleic acid and protein sequence analysis, prediction and visualization.
Nucleic Acids Res
; 49(10): e60, 2021 06 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33660783
19.
Densest subgraph-based methods for protein-protein interaction hot spot prediction.
BMC Bioinformatics
; 23(1): 451, 2022 Oct 31.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36316653
20.
Network control principles for identifying personalized driver genes in cancer.
Brief Bioinform
; 21(5): 1641-1662, 2020 09 25.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31711128