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1.
Opportunities and Challenges in Building a Spatiotemporal Multi-scale Model of the Human Pancreatic ß Cell.
Cell
; 173(1): 11-19, 2018 03 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29570991
2.
Spatial and temporal organization of the genome: Current state and future aims of the 4D nucleome project.
Mol Cell
; 83(15): 2624-2640, 2023 08 03.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37419111
3.
Computational methods for analysing multiscale 3D genome organization.
Nat Rev Genet
; 25(2): 123-141, 2024 Feb.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37673975
4.
Integrative genome modeling platform reveals essentiality of rare contact events in 3D genome organizations.
Nat Methods
; 19(8): 938-949, 2022 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35817938
5.
Comprehensive characterization of neutrophil genome topology.
Genes Dev
; 31(2): 141-153, 2017 01 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28167501
6.
Assessment of scoring functions to rank the quality of 3D subtomogram clusters from cryo-electron tomography.
J Struct Biol
; 213(2): 107727, 2021 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33753204
7.
CancerDetector: ultrasensitive and non-invasive cancer detection at the resolution of individual reads using cell-free DNA methylation sequencing data.
Nucleic Acids Res
; 46(15): e89, 2018 09 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29897492
8.
Population-based 3D genome structure analysis reveals driving forces in spatial genome organization.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 113(12): E1663-72, 2016 Mar 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26951677
9.
TopDom: an efficient and deterministic method for identifying topological domains in genomes.
Nucleic Acids Res
; 44(7): e70, 2016 Apr 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26704975
10.
Simulating cryo electron tomograms of crowded cell cytoplasm for assessment of automated particle picking.
BMC Bioinformatics
; 17(1): 405, 2016 Oct 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27716029
11.
Hi-Corrector: a fast, scalable and memory-efficient package for normalizing large-scale Hi-C data.
Bioinformatics
; 31(6): 960-2, 2015 Mar 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25391400
12.
Physical tethering and volume exclusion determine higher-order genome organization in budding yeast.
Genome Res
; 22(7): 1295-305, 2012 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22619363
13.
Automated target segmentation and real space fast alignment methods for high-throughput classification and averaging of crowded cryo-electron subtomograms.
Bioinformatics
; 29(13): i274-82, 2013 Jul 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23812994
14.
Harmonizing the Generation and Pre-publication Stewardship of FAIR Image data.
ArXiv
; 2024 Feb 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38351940
15.
Determining the architectures of macromolecular assemblies.
Nature
; 450(7170): 683-94, 2007 Nov 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-18046405
16.
The molecular architecture of the nuclear pore complex.
Nature
; 450(7170): 695-701, 2007 Nov 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-18046406
17.
Conformational analysis of chromosome structures reveals vital role of chromosome morphology in gene function.
bioRxiv
; 2023 Feb 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36824908
18.
Mega-Enhancer Bodies Organize Neuronal Long Genes in the Cerebellum.
bioRxiv
; 2023 Jul 25.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37503219
19.
Evaluating the role of the nuclear microenvironment in gene function by population-based modeling.
Nat Struct Mol Biol
; 30(8): 1193-1206, 2023 08.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37580627
20.
High-throughput subtomogram alignment and classification by Fourier space constrained fast volumetric matching.
J Struct Biol
; 178(2): 152-64, 2012 May.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22420977