Detalles de la búsqueda
1.
Distant residues modulate conformational opening in SARS-CoV-2 spike protein.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 118(43)2021 10 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34615730
2.
Predicting residue cooperativity during protein folding: A combined, molecular dynamics and unsupervised learning approach.
J Chem Phys
; 158(13): 134108, 2023 Apr 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37031148
3.
Force-Field-Dependent DNA Breathing Dynamics: A Case Study of Hoogsteen Base Pairing in A6-DNA.
J Chem Inf Model
; 62(24): 6749-6761, 2022 12 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36049242
4.
How the phage T4 injection machinery works including energetics, forces, and dynamic pathway.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 116(50): 25097-25105, 2019 12 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31767752
5.
Free Energy Landscape and Conformational Kinetics of Hoogsteen Base Pairing in DNA vs. RNA.
Biophys J
; 119(8): 1568-1579, 2020 10 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32946766
6.
Weighted ensemble milestoning (WEM): A combined approach for rare event simulations.
J Chem Phys
; 152(23): 234114, 2020 Jun 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32571033
7.
Kinetics and free energy of ligand dissociation using weighted ensemble milestoning.
J Chem Phys
; 153(15): 154117, 2020 Oct 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33092382
8.
Advances in milestoning. II. Calculating time-correlation functions from milestoning using stochastic path integrals.
J Chem Phys
; 149(8): 084104, 2018 Aug 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30193477
9.
Advances in milestoning. I. Enhanced sampling via wind-assisted reweighted milestoning (WARM).
J Chem Phys
; 149(8): 084103, 2018 Aug 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30193480
10.
Electric-Field-Induced Protein Translocation via a Conformational Transition in SecDF: An MD Study.
Biophys J
; 112(12): 2520-2528, 2017 Jun 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28636909
11.
Dynamic Model Exposes the Energetics and Dynamics of the Injection Machinery for Bacteriophage T4.
Biophys J
; 113(1): 195-205, 2017 Jul 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28700918
12.
Transient Hoogsteen base pairs in canonical duplex DNA.
Nature
; 470(7335): 498-502, 2011 Feb 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21270796
13.
Automated placement of interfaces in conformational kinetics calculations using machine learning.
J Chem Phys
; 147(15): 152727, 2017 Oct 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29055331
14.
Dendrimers in Nanoscale Confinement: The Interplay between Conformational Change and Nanopore Entrance.
Nano Lett
; 15(7): 4822-8, 2015 Jul 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26053678
15.
Free-energy landscape and characteristic forces for the initiation of DNA unzipping.
Biophys J
; 108(7): 1727-1738, 2015 Apr 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25863064
16.
Slowdown of Interhelical Motions Induces a Glass Transition in RNA.
Biophys J
; 108(12): 2876-85, 2015 Jun 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26083927
17.
Membrane Protein Structure, Function, and Dynamics: a Perspective from Experiments and Theory.
J Membr Biol
; 248(4): 611-40, 2015 Aug.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26063070
18.
Rate turnover in mechano-catalytic coupling: A model and its microscopic origin.
J Chem Phys
; 143(4): 045105, 2015 Jul 28.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26233168
19.
Structural ensemble and dynamics of toroidal-like DNA shapes in bacteriophage Ï29 exit cavity.
Biophys J
; 104(9): 2058-67, 2013 May 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23663849
20.
A general method for constructing atomic-resolution RNA ensembles using NMR residual dipolar couplings: the basis for interhelical motions revealed.
J Am Chem Soc
; 135(14): 5457-66, 2013 Apr 10.
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| MEDLINE | ID: mdl-23473378