Detalles de la búsqueda
1.
Critical Assessment of Metagenome Interpretation: the second round of challenges.
Nat Methods
; 19(4): 429-440, 2022 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35396482
2.
Plasmid detection and assembly in genomic and metagenomic data sets.
Genome Res
; 29(6): 961-968, 2019 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31048319
3.
Metaviral SPAdes: assembly of viruses from metagenomic data.
Bioinformatics
; 36(14): 4126-4129, 2020 08 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32413137
4.
SPAligner: alignment of long diverged molecular sequences to assembly graphs.
BMC Bioinformatics
; 21(Suppl 12): 306, 2020 Jul 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32703258
5.
Extending rnaSPAdes functionality for hybrid transcriptome assembly.
BMC Bioinformatics
; 21(Suppl 12): 302, 2020 Jul 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32703149
6.
Versatile genome assembly evaluation with QUAST-LG.
Bioinformatics
; 34(13): i142-i150, 2018 07 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29949969
7.
hybridSPAdes: an algorithm for hybrid assembly of short and long reads.
Bioinformatics
; 32(7): 1009-15, 2016 04 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26589280
8.
rnaQUAST: a quality assessment tool for de novo transcriptome assemblies.
Bioinformatics
; 32(14): 2210-2, 2016 07 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27153654
9.
plasmidSPAdes: assembling plasmids from whole genome sequencing data.
Bioinformatics
; 32(22): 3380-3387, 2016 11 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27466620
10.
viralFlye: assembling viruses and identifying their hosts from long-read metagenomics data.
Genome Biol
; 23(1): 57, 2022 02 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35189932
11.
Multiplex de Bruijn graphs enable genome assembly from long, high-fidelity reads.
Nat Biotechnol
; 40(7): 1075-1081, 2022 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35228706
12.
Varidnaviruses in the Human Gut: A Major Expansion of the Order Vinavirales.
Viruses
; 14(9)2022 08 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36146653
13.
Analysis of metagenome-assembled viral genomes from the human gut reveals diverse putative CrAss-like phages with unique genomic features.
Nat Commun
; 12(1): 1044, 2021 02 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33594055
14.
Thousands of previously unknown phages discovered in whole-community human gut metagenomes.
Microbiome
; 9(1): 78, 2021 03 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33781338
15.
Using SPAdes De Novo Assembler.
Curr Protoc Bioinformatics
; 70(1): e102, 2020 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32559359
16.
rnaSPAdes: a de novo transcriptome assembler and its application to RNA-Seq data.
Gigascience
; 8(9)2019 09 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31494669
17.
Pathset graphs: a novel approach for comprehensive utilization of paired reads in genome assembly.
J Comput Biol
; 20(4): 359-71, 2013 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22803627
18.
Assembling single-cell genomes and mini-metagenomes from chimeric MDA products.
J Comput Biol
; 20(10): 714-37, 2013 Oct.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24093227
19.
SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing.
J Comput Biol
; 19(5): 455-77, 2012 May.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22506599
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