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1.
Kinetic Barrier to Enzyme Inhibition Is Manipulated by Dynamical Local Interactions in E. coli DHFR.
J Chem Inf Model
; 63(15): 4839-4849, 2023 08 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37491825
2.
Conformational multiplicity of bacterial ferric binding protein revealed by small angle x-ray scattering and molecular dynamics calculations.
J Chem Phys
; 158(8): 085101, 2023 Feb 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36859088
3.
DHFR Mutants Modulate Their Synchronized Dynamics with the Substrate by Shifting Hydrogen Bond Occupancies.
J Chem Inf Model
; 62(24): 6715-6726, 2022 12 26.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35984987
4.
N-Terminus of the Third PDZ Domain of PSD-95 Orchestrates Allosteric Communication for Selective Ligand Binding.
J Chem Inf Model
; 61(1): 347-357, 2021 01 25.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33331776
5.
High-Order Epistasis in Catalytic Power of Dihydrofolate Reductase Gives Rise to a Rugged Fitness Landscape in the Presence of Trimethoprim Selection.
Mol Biol Evol
; 36(7): 1533-1550, 2019 07 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30982891
6.
MODE-TASK: large-scale protein motion tools.
Bioinformatics
; 34(21): 3759-3763, 2018 11 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29850770
7.
Unraveling the Motions behind Enterovirus 71 Uncoating.
Biophys J
; 114(4): 822-838, 2018 02 27.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29490244
8.
MD-TASK: a software suite for analyzing molecular dynamics trajectories.
Bioinformatics
; 33(17): 2768-2771, 2017 Sep 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28575169
9.
FbpA iron storage and release are governed by periplasmic microenvironments.
Phys Chem Chem Phys
; 19(8): 6064-6075, 2017 Feb 22.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28191562
10.
Increased substrate affinity in the Escherichia coli L28R dihydrofolate reductase mutant causes trimethoprim resistance.
Phys Chem Chem Phys
; 19(18): 11416-11428, 2017 May 10.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28422217
11.
Detailed molecular dynamics simulations of human transferrin provide insights into iron release dynamics at serum and endosomal pH.
J Biol Inorg Chem
; 20(4): 705-18, 2015 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25792380
12.
Perturbation response scanning specifies key regions in subtilisin serine protease for both function and stability.
J Enzyme Inhib Med Chem
; 30(6): 867-73, 2015 Dec.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25643757
13.
Designing molecular dynamics simulations to shift populations of the conformational states of calmodulin.
PLoS Comput Biol
; 9(12): e1003366, 2013.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24339763
14.
A stochastic programming approach to the antibiotics time machine problem.
Math Biosci
; 372: 109191, 2024 Jun.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38604597
15.
Computational strategies for protein conformational ensemble detection.
Curr Opin Struct Biol
; 72: 79-87, 2022 02.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34563946
16.
Subtle pH differences trigger single residue motions for moderating conformations of calmodulin.
J Chem Phys
; 135(15): 155102, 2011 Oct 21.
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| MEDLINE | ID: mdl-22029336
17.
Dynamic Community Composition Unravels Allosteric Communication in PDZ3.
J Phys Chem B
; 125(9): 2266-2276, 2021 03 11.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33631929
18.
A trimethoprim derivative impedes antibiotic resistance evolution.
Nat Commun
; 12(1): 2949, 2021 05 19.
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| MEDLINE | ID: mdl-34011959
19.
How orientational order governs collectivity of folded proteins.
Proteins
; 78(16): 3363-75, 2010 Dec.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-20818660
20.
Perturbation-response scanning reveals ligand entry-exit mechanisms of ferric binding protein.
PLoS Comput Biol
; 5(10): e1000544, 2009 Oct.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-19851447