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1.
Neural network and kinetic modelling of human genome replication reveal replication origin locations and strengths.
PLoS Comput Biol
; 19(5): e1011138, 2023 May.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37253070
2.
Developmental and cancer-associated plasticity of DNA replication preferentially targets GC-poor, lowly expressed and late-replicating regions.
Nucleic Acids Res
; 46(19): 10157-10172, 2018 11 02.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30189101
3.
Evidence for DNA Sequence Encoding of an Accessible Nucleosomal Array across Vertebrates.
Biophys J
; 114(10): 2308-2316, 2018 05 22.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29580552
4.
Multi-scale structural community organisation of the human genome.
BMC Bioinformatics
; 18(1): 209, 2017 Apr 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28399820
5.
The spatiotemporal program of DNA replication is associated with specific combinations of chromatin marks in human cells.
PLoS Genet
; 10(5): e1004282, 2014 May.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24785686
6.
Evidence of selection for an accessible nucleosomal array in human.
BMC Genomics
; 17: 526, 2016 07 29.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27472913
7.
Embryonic stem cell specific "master" replication origins at the heart of the loss of pluripotency.
PLoS Comput Biol
; 11(2): e1003969, 2015 Feb.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25658386
8.
Developmental and cancer-associated plasticity of DNA replication preferentially targets GC-poor, lowly expressed and late-replicating regions.
Nucleic Acids Res
; 46(19): 10532, 2018 Nov 02.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30212853
9.
Human genome replication proceeds through four chromatin states.
PLoS Comput Biol
; 9(10): e1003233, 2013.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24130466
10.
3D chromatin conformation correlates with replication timing and is conserved in resting cells.
Nucleic Acids Res
; 40(19): 9470-81, 2012 Oct.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22879376
11.
Megabase replication domains along the human genome: relation to chromatin structure and genome organisation.
Subcell Biochem
; 61: 57-80, 2013.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23150246
12.
A novel strategy of transcription regulation by intragenic nucleosome ordering.
Genome Res
; 20(1): 59-67, 2010 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19858362
13.
Impact of replication timing on non-CpG and CpG substitution rates in mammalian genomes.
Genome Res
; 20(4): 447-57, 2010 Apr.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-20103589
14.
Replication fork polarity gradients revealed by megabase-sized U-shaped replication timing domains in human cell lines.
PLoS Comput Biol
; 8(4): e1002443, 2012.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22496629
15.
Replication-associated mutational asymmetry in the human genome.
Mol Biol Evol
; 28(8): 2327-37, 2011 Aug.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-21368316
16.
Evidence for sequential and increasing activation of replication origins along replication timing gradients in the human genome.
PLoS Comput Biol
; 7(12): e1002322, 2011 Dec.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22219720
17.
Nucleosome positioning by genomic excluding-energy barriers.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 106(52): 22257-62, 2009 Dec 29.
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| MEDLINE | ID: mdl-20018700
18.
FORK-seq: Single-Molecule Profiling of DNA Replication.
Methods Mol Biol
; 2477: 107-128, 2022.
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| MEDLINE | ID: mdl-35524115
19.
Genome-wide mapping of individual replication fork velocities using nanopore sequencing.
Nat Commun
; 13(1): 3295, 2022 06 08.
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| MEDLINE | ID: mdl-35676270
20.
Open chromatin encoded in DNA sequence is the signature of 'master' replication origins in human cells.
Nucleic Acids Res
; 37(18): 6064-75, 2009 Oct.
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| MEDLINE | ID: mdl-19671527