Detalles de la búsqueda
1.
Accurate detection of RNA stem-loops in structurome data reveals widespread association with protein binding sites.
RNA Biol
; 18(sup1): 521-536, 2021 10 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34606413
2.
Probing of RNA structures in a positive sense RNA virus reveals selection pressures for structural elements.
Nucleic Acids Res
; 46(5): 2573-2584, 2018 03 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29294088
3.
Data-directed RNA secondary structure prediction using probabilistic modeling.
RNA
; 22(8): 1109-19, 2016 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27251549
4.
SEQualyzer: interactive tool for quality control and exploratory analysis of high-throughput RNA structural profiling data.
Bioinformatics
; 33(3): 441-443, 2017 02 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28172632
5.
FoldAtlas: a repository for genome-wide RNA structure probing data.
Bioinformatics
; 33(2): 306-308, 2017 01 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27663500
6.
Metrics for rapid quality control in RNA structure probing experiments.
Bioinformatics
; 32(23): 3575-3583, 2016 12 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27497441
7.
Rational experiment design for sequencing-based RNA structure mapping.
RNA
; 20(12): 1864-77, 2014 Dec.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25332375
8.
Multiplexed RNA structure characterization with selective 2'-hydroxyl acylation analyzed by primer extension sequencing (SHAPE-Seq).
Proc Natl Acad Sci U S A
; 108(27): 11063-8, 2011 Jul 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21642531
9.
Modeling and automation of sequencing-based characterization of RNA structure.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 108(27): 11069-74, 2011 Jul 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21642536
10.
Computational Approaches for RNA Structure Ensemble Deconvolution from Structure Probing Data.
J Mol Biol
; 434(18): 167635, 2022 09 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35595163
11.
Multiomic analysis for optimization of combined focal and immunotherapy protocols in murine pancreatic cancer.
Theranostics
; 12(18): 7884-7902, 2022.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36451859
12.
Computational models of HIV-1 resistance to gene therapy elucidate therapy design principles.
PLoS Comput Biol
; 6(8)2010 Aug 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20711350
13.
Rapid structure-function insights via hairpin-centric analysis of big RNA structure probing datasets.
NAR Genom Bioinform
; 3(3): lqab073, 2021 Sep.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34447931
14.
Stability and nuclear localization of yeast telomerase depend on protein components of RNase P/MRP.
Nat Commun
; 11(1): 2173, 2020 05 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32358529
15.
dStruct: identifying differentially reactive regions from RNA structurome profiling data.
Genome Biol
; 20(1): 40, 2019 02 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30791935
16.
Genome-Wide Discovery of DEAD-Box RNA Helicase Targets Reveals RNA Structural Remodeling in Transcription Termination.
Genetics
; 212(1): 153-174, 2019 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30902808
17.
Publisher Correction: Statistical modeling of RNA structure profiling experiments enables parsimonious reconstruction of structure landscapes.
Nat Commun
; 9(1): 1110, 2018 03 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29535318
18.
PATTERNA: transcriptome-wide search for functional RNA elements via structural data signatures.
Genome Biol
; 19(1): 28, 2018 03 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29495968
19.
Statistical modeling of RNA structure profiling experiments enables parsimonious reconstruction of structure landscapes.
Nat Commun
; 9(1): 606, 2018 02 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29426922
20.
Extracting information from RNA SHAPE data: Kalman filtering approach.
PLoS One
; 13(11): e0207029, 2018.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30462682