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1.
Click and Detect: Versatile Ampicillin Aptasensor Enabled by Click Chemistry on a Graphene-Alkyne Derivative.
Small
; 19(51): e2207216, 2023 Dec.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36703534
2.
Sensitivity of the RNA Structure to Ion Conditions as Probed by Molecular Dynamics Simulations of Common Canonical RNA Duplexes.
J Chem Inf Model
; 63(7): 2133-2146, 2023 04 10.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36989143
3.
Computer Aided Development of Nucleic Acid Applications in Nanotechnologies.
Small
; 18(49): e2204408, 2022 12.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36216589
4.
Parallel G-triplexes and G-hairpins as potential transitory ensembles in the folding of parallel-stranded DNA G-Quadruplexes.
Nucleic Acids Res
; 47(14): 7276-7293, 2019 08 22.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31318975
5.
RNA Structural Dynamics As Captured by Molecular Simulations: A Comprehensive Overview.
Chem Rev
; 118(8): 4177-4338, 2018 04 25.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29297679
6.
Structural dynamics of propeller loop: towards folding of RNA G-quadruplex.
Nucleic Acids Res
; 46(17): 8754-8771, 2018 09 28.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30165550
7.
Folding of guanine quadruplex molecules-funnel-like mechanism or kinetic partitioning? An overview from MD simulation studies.
Biochim Biophys Acta Gen Subj
; 1861(5 Pt B): 1246-1263, 2017 May.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27979677
8.
Hairpins participating in folding of human telomeric sequence quadruplexes studied by standard and T-REMD simulations.
Nucleic Acids Res
; 43(20): 9626-44, 2015 Nov 16.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26433223
9.
Molecular dynamic simulations of protein/RNA complexes: CRISPR/Csy4 endoribonuclease.
Biochim Biophys Acta
; 1850(5): 1072-1090, 2015 May.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25450173
10.
Exponential repulsion improves structural predictability of molecular docking.
J Comput Chem
; 37(28): 2485-94, 2016 10 30.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27620738
11.
Disparate HDV ribozyme crystal structures represent intermediates on a rugged free-energy landscape.
RNA
; 20(7): 1112-28, 2014 Jul.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24854621
12.
Chemical feasibility of the general acid/base mechanism of glmS ribozyme self-cleavage.
Biopolymers
; 103(10): 550-62, 2015 Oct.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25858644
13.
The role of an active site Mg(2+) in HDV ribozyme self-cleavage: insights from QM/MM calculations.
Phys Chem Chem Phys
; 17(1): 670-9, 2015 Jan 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25412464
14.
Wobble pairs of the HDV ribozyme play specific roles in stabilization of active site dynamics.
Phys Chem Chem Phys
; 17(8): 5887-900, 2015 Feb 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25631765
15.
Anatomy of enzyme channels.
BMC Bioinformatics
; 15: 379, 2014 Nov 18.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25403510
16.
How to understand quantum chemical computations on DNA and RNA systems? A practical guide for non-specialists.
Methods
; 64(1): 3-11, 2013 Nov.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23747334
17.
MOLEonline 2.0: interactive web-based analysis of biomacromolecular channels.
Nucleic Acids Res
; 40(Web Server issue): W222-7, 2012 Jul.
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| MEDLINE | ID: mdl-22553366
18.
Nature and magnitude of aromatic base stacking in DNA and RNA: Quantum chemistry, molecular mechanics, and experiment.
Biopolymers
; 99(12): 978-88, 2013 Dec.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23784745
19.
Benchmark quantum-chemical calculations on a complete set of rotameric families of the DNA sugar-phosphate backbone and their comparison with modern density functional theory.
Phys Chem Chem Phys
; 15(19): 7295-310, 2013 May 21.
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| MEDLINE | ID: mdl-23575975
20.
Simple Adjustment of Intranucleotide Base-Phosphate Interaction in the OL3 AMBER Force Field Improves RNA Simulations.
J Chem Theory Comput
; 19(22): 8423-8433, 2023 Nov 28.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37944118