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1.
High-performance transformation of protein structure representation from internal to Cartesian coordinates.
J Comput Chem
; 41(24): 2104-2114, 2020 09 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32686852
2.
Constrained Maximum Likelihood Estimation of Relative Abundances of Protein Conformation in a Heterogeneous Mixture from Small Angle X-Ray Scattering Intensity Measurements.
IEEE Trans Signal Process
; 63(20): 5383-5394, 2015 Oct 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26924916
3.
Communication: modeling charge-sign asymmetric solvation free energies with nonlinear boundary conditions.
J Chem Phys
; 141(13): 131103, 2014 Oct 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25296776
4.
A biomolecular electrostatics solver using Python, GPUs and boundary elements that can handle solvent-filled cavities and Stern layers.
Comput Phys Commun
; 185(3): 720-729, 2014 Mar.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25284826
5.
Affine-response model of molecular solvation of ions: Accurate predictions of asymmetric charging free energies.
J Chem Phys
; 137(12): 124101, 2012 Sep 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23020318
6.
Solvation Thermodynamics of Solutes in Water and Ionic Liquids Using the Multiscale Solvation-Layer Interface Condition Continuum Model.
J Chem Theory Comput
; 18(9): 5539-5558, 2022 Sep 13.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36001344
7.
Nonlocal continuum electrostatic theory predicts surprisingly small energetic penalties for charge burial in proteins.
J Chem Phys
; 135(10): 104113, 2011 Sep 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21932882
8.
Mathematical analysis of the boundary-integral based electrostatics estimation approximation for molecular solvation: exact results for spherical inclusions.
J Chem Phys
; 135(12): 124107, 2011 Sep 28.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-21974512
9.
Accurate solution of multi-region continuum biomolecule electrostatic problems using the linearized Poisson-Boltzmann equation with curved boundary elements.
J Comput Chem
; 30(1): 132-53, 2009 Jan 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-18567005
10.
Numerical solution of boundary-integral equations for molecular electrostatics.
J Chem Phys
; 130(9): 094102, 2009 Mar 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19275391
11.
Bounding the electrostatic free energies associated with linear continuum models of molecular solvation.
J Chem Phys
; 130(10): 104108, 2009 Mar 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19292524
12.
Simulated x-ray scattering of protein solutions using explicit-solvent models.
J Chem Phys
; 130(13): 134114, 2009 Apr 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19355724
13.
Discretization of the induced-charge boundary integral equation.
Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys
; 80(1 Pt 1): 011906, 2009 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19658728
14.
Interpreting the Coulomb-field approximation for generalized-Born electrostatics using boundary-integral equation theory.
J Chem Phys
; 129(14): 144105, 2008 Oct 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19045132
15.
Theory of wavelet-based coarse-graining hierarchies for molecular dynamics.
Phys Rev E
; 96(1-1): 013301, 2017 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29347065
16.
Extending the Solvation-Layer Interface Condition Continum Electrostatic Model to a Linearized Poisson-Boltzmann Solvent.
J Chem Theory Comput
; 13(6): 2897-2914, 2017 Jun 13.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28379697
17.
Nonlocal Electrostatics in Spherical Geometries Using Eigenfunction Expansions of Boundary-Integral Operators.
Mol Based Math Biol
; 3(1): 1-22, 2015 Jan.
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26273581
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Gradient Models in Molecular Biophysics: Progress, Challenges, Opportunities.
J Mech Behav Mater
; 22(5-6): 169-184, 2013 Dec.
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| MEDLINE | ID: mdl-25505358
19.
Analysis of fast boundary-integral approximations for modeling electrostatic contributions of molecular binding.
Mol Based Math Biol
; 1: 124-150, 2013 Jun.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24466561
20.
Comparison of three-dimensional poisson solution methods for particle-based simulation and inhomogeneous dielectrics.
Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys
; 86(1 Pt 1): 011912, 2012 Jul.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23005457