Detalles de la búsqueda
1.
PC_ali: a tool for improved multiple alignments and evolutionary inference based on a hybrid protein sequence and structure similarity score.
Bioinformatics
; 39(11)2023 11 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37847775
2.
Predicting protein stability changes upon mutation using a simple orientational potential.
Bioinformatics
; 39(1)2023 01 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36629451
3.
Consequences of Genetic Recombination on Protein Folding Stability.
J Mol Evol
; 91(1): 33-45, 2023 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36463317
4.
Structural basis for allosteric transitions of a multidomain pentameric ligand-gated ion channel.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 117(24): 13437-13446, 2020 06 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32482881
5.
Experimental and Bioinformatic Insights into the Effects of Epileptogenic Variants on the Function and Trafficking of the GABA Transporter GAT-1.
Int J Mol Sci
; 24(2)2023 Jan 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36674476
6.
Differences in firing efficiency, chromatin, and transcription underlie the developmental plasticity of the Arabidopsis DNA replication origins.
Genome Res
; 29(5): 784-797, 2019 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30846531
7.
Local Normal Mode Analysis for Fast Loop Conformational Sampling.
J Chem Inf Model
; 62(18): 4561-4568, 2022 09 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36099639
8.
Why are large conformational changes well described by harmonic normal modes?
Biophys J
; 120(23): 5343-5354, 2021 12 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34710378
9.
Predicted dynamical couplings of protein residues characterize catalysis, transport and allostery.
Bioinformatics
; 35(23): 4971-4978, 2019 12 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31038697
10.
The Molecular Clock in the Evolution of Protein Structures.
Syst Biol
; 68(6): 987-1002, 2019 11 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31111152
11.
Substitution Rates Predicted by Stability-Constrained Models of Protein Evolution Are Not Consistent with Empirical Data.
Mol Biol Evol
; 35(3): 743-755, 2018 Mar 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29294047
12.
Can Conformational Changes of Proteins Be Represented in Torsion Angle Space? A Study with Rescaled Ridge Regression.
J Chem Inf Model
; 59(11): 4929-4941, 2019 11 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31600071
13.
ProtASR: An Evolutionary Framework for Ancestral Protein Reconstruction with Selection on Folding Stability.
Syst Biol
; 66(6): 1054-1064, 2017 Nov 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28057858
14.
High-resolution analysis of DNA synthesis start sites and nucleosome architecture at efficient mammalian replication origins.
EMBO J
; 32(19): 2631-44, 2013 Oct 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23995398
15.
The Functional Topography of the Arabidopsis Genome Is Organized in a Reduced Number of Linear Motifs of Chromatin States.
Plant Cell
; 26(6): 2351-2366, 2014 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24934173
16.
Maximum-Likelihood Phylogenetic Inference with Selection on Protein Folding Stability.
Mol Biol Evol
; 32(8): 2195-207, 2015 Aug.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25837579
17.
Emergence of structure through protein-protein interactions and pH changes in dually predicted coiled-coil and disordered regions of centrosomal proteins.
Biochim Biophys Acta
; 1844(10): 1808-19, 2014 Oct.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25091198
18.
The architecture of mutualistic networks minimizes competition and increases biodiversity.
Nature
; 458(7241): 1018-20, 2009 Apr 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19396144
19.
Characterizing conformation changes in proteins through the torsional elastic response.
Biochim Biophys Acta
; 1834(5): 836-46, 2013 May.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23429178
20.
Protein evolution along phylogenetic histories under structurally constrained substitution models.
Bioinformatics
; 29(23): 3020-8, 2013 Dec 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24037213