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1.
Multicenter integrated analysis of noncoding CRISPRi screens.
Nat Methods
; 21(4): 723-734, 2024 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38504114
2.
Sequence-based correction of barcode bias in massively parallel reporter assays.
Genome Res
; 31(9): 1638-1645, 2021 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34285053
3.
Regulatory enhancer profiling of mesenchymal-type gastric cancer reveals subtype-specific epigenomic landscapes and targetable vulnerabilities.
Gut
; 72(2): 226-241, 2023 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35817555
4.
Comprehensive molecular phenotyping of ARID1A-deficient gastric cancer reveals pervasive epigenomic reprogramming and therapeutic opportunities.
Gut
; 72(9): 1651-1663, 2023 09.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36918265
5.
Enhancer Predictions and Genome-Wide Regulatory Circuits.
Annu Rev Genomics Hum Genet
; 21: 37-54, 2020 08 31.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32443951
6.
Parkinson-Associated SNCA Enhancer Variants Revealed by Open Chromatin in Mouse Dopamine Neurons.
Am J Hum Genet
; 103(6): 874-892, 2018 12 06.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30503521
7.
Integration of multiple epigenomic marks improves prediction of variant impact in saturation mutagenesis reporter assay.
Hum Mutat
; 40(9): 1280-1291, 2019 09.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31106481
8.
Local epigenomic state cannot discriminate interacting and non-interacting enhancer-promoter pairs with high accuracy.
PLoS Comput Biol
; 14(12): e1006625, 2018 12.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30562350
9.
Predicting enhancer activity and variant impact using gkm-SVM.
Hum Mutat
; 38(9): 1251-1258, 2017 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28120510
10.
Predicting gene expression in massively parallel reporter assays: A comparative study.
Hum Mutat
; 38(9): 1240-1250, 2017 09.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28220625
11.
Divergent functions of hematopoietic transcription factors in lineage priming and differentiation during erythro-megakaryopoiesis.
Genome Res
; 24(12): 1932-44, 2014 Dec.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25319996
12.
gkmSVM: an R package for gapped-kmer SVM.
Bioinformatics
; 32(14): 2205-7, 2016 07 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27153639
13.
Comparison of the transcriptional landscapes between human and mouse tissues.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 111(48): 17224-9, 2014 Dec 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25413365
14.
Indicators of Successful Career Transitions from Physical Sciences and Engineering to Biomedical Research.
Curr Genomics
; 22(4): 301-305, 2021 Dec 16.
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| MEDLINE | ID: mdl-35273460
15.
Integration of ChIP-seq and machine learning reveals enhancers and a predictive regulatory sequence vocabulary in melanocytes.
Genome Res
; 22(11): 2290-301, 2012 Nov.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23019145
16.
Enhanced regulatory sequence prediction using gapped k-mer features.
PLoS Comput Biol
; 10(7): e1003711, 2014 Jul.
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| MEDLINE | ID: mdl-25033408
17.
kmer-SVM: a web server for identifying predictive regulatory sequence features in genomic data sets.
Nucleic Acids Res
; 41(Web Server issue): W544-56, 2013 Jul.
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| MEDLINE | ID: mdl-23771147
18.
Discriminative prediction of mammalian enhancers from DNA sequence.
Genome Res
; 21(12): 2167-80, 2011 Dec.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21875935
19.
Robust k-mer frequency estimation using gapped k-mers.
J Math Biol
; 69(2): 469-500, 2014 Aug.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23861010
20.
Early Transcriptional Responses of Human Nasal Epithelial Cells to Infection with Influenza A and SARS-CoV-2 Virus Differ and Are Influenced by Physiological Temperature.
Pathogens
; 12(3)2023 Mar 18.
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| MEDLINE | ID: mdl-36986402