Detalles de la búsqueda
1.
DNA superhelicity.
Nucleic Acids Res
; 52(1): 22-48, 2024 Jan 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37994702
2.
Non-equilibrium structural dynamics of supercoiled DNA plasmids exhibits asymmetrical relaxation.
Nucleic Acids Res
; 50(5): 2754-2764, 2022 03 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35188541
3.
Interplay between DNA sequence and negative superhelicity drives R-loop structures.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 116(13): 6260-6269, 2019 03 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30850542
4.
Emerging roles for R-loop structures in the management of topological stress.
J Biol Chem
; 295(14): 4684-4695, 2020 04 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32107311
5.
Single-molecule visualization of the effects of ionic strength and crowding on structure-mediated interactions in supercoiled DNA molecules.
Nucleic Acids Res
; 47(12): 6360-6368, 2019 07 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31106378
6.
Visualizing structure-mediated interactions in supercoiled DNA molecules.
Nucleic Acids Res
; 46(9): 4622-4631, 2018 05 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29684182
7.
Long-range correlations in the mechanics of small DNA circles under topological stress revealed by multi-scale simulation.
Nucleic Acids Res
; 44(19): 9121-9130, 2016 Nov 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27664220
8.
SIST: stress-induced structural transitions in superhelical DNA.
Bioinformatics
; 31(3): 421-2, 2015 Feb 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25282644
9.
Potential non-B DNA regions in the human genome are associated with higher rates of nucleotide mutation and expression variation.
Nucleic Acids Res
; 42(20): 12367-79, 2014 Nov 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25336616
10.
Competitive superhelical transitions involving cruciform extrusion.
Nucleic Acids Res
; 41(21): 9610-21, 2013 Nov.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23969416
11.
The genome-wide distribution of non-B DNA motifs is shaped by operon structure and suggests the transcriptional importance of non-B DNA structures in Escherichia coli.
Nucleic Acids Res
; 41(12): 5965-77, 2013 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23620297
12.
Theoretical analysis of competing conformational transitions in superhelical DNA.
PLoS Comput Biol
; 8(4): e1002484, 2012.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22570598
13.
Theoretical analysis of the stress induced B-Z transition in superhelical DNA.
PLoS Comput Biol
; 7(1): e1001051, 2011 Jan 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21283778
14.
DNA stress and strain, in silico, in vitro and in vivo.
Phys Biol
; 8(3): 035011, 2011 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21572180
15.
The distribution of inverted repeat sequences in the Saccharomyces cerevisiae genome.
Curr Genet
; 56(4): 321-40, 2010 Aug.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20446088
16.
FUBP1 and FUBP2 enforce distinct epigenetic setpoints for MYC expression in primary single murine cells.
Commun Biol
; 3(1): 545, 2020 10 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33005010
17.
Superhelical destabilization in regulatory regions of stress response genes.
PLoS Comput Biol
; 4(1): e17, 2008 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-18208321
18.
Persistence lengths of DNA obtained from Brownian dynamics simulations.
J Phys Chem A
; 113(16): 4213-6, 2009 Apr 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19371114
19.
OriDB: a DNA replication origin database.
Nucleic Acids Res
; 35(Database issue): D40-6, 2007 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-17065467
20.
Visualization of the detailed structure of plasmid DNA.
J Phys Chem B
; 112(51): 16788-92, 2008 Dec 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19368012