Detalles de la búsqueda
1.
EquiPNAS: improved protein-nucleic acid binding site prediction using protein-language-model-informed equivariant deep graph neural networks.
Nucleic Acids Res
; 52(5): e27, 2024 Mar 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38281252
2.
The transformative power of transformers in protein structure prediction.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 120(32): e2303499120, 2023 08 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37523536
3.
E(3) equivariant graph neural networks for robust and accurate protein-protein interaction site prediction.
PLoS Comput Biol
; 19(8): e1011435, 2023 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37651442
4.
DeepRefiner: high-accuracy protein structure refinement by deep network calibration.
Nucleic Acids Res
; 49(W1): W147-W152, 2021 07 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33999209
5.
DisCovER: distance- and orientation-based covariational threading for weakly homologous proteins.
Proteins
; 90(2): 579-588, 2022 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34599831
6.
rrQNet: Protein contact map quality estimation by deep evolutionary reconciliation.
Proteins
; 90(12): 2023-2034, 2022 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35751651
7.
Hybridized distance- and contact-based hierarchical structure modeling for folding soluble and membrane proteins.
PLoS Comput Biol
; 17(2): e1008753, 2021 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33621244
8.
QDeep: distance-based protein model quality estimation by residue-level ensemble error classifications using stacked deep residual neural networks.
Bioinformatics
; 36(Suppl_1): i285-i291, 2020 07 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32657397
9.
refineD: improved protein structure refinement using machine learning based restrained relaxation.
Bioinformatics
; 35(18): 3320-3328, 2019 09 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30759180
10.
Does inclusion of residue-residue contact information boost protein threading?
Proteins
; 87(7): 596-606, 2019 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30882932
11.
QAcon: single model quality assessment using protein structural and contact information with machine learning techniques.
Bioinformatics
; 33(4): 586-588, 2017 02 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28035027
12.
3Drefine: an interactive web server for efficient protein structure refinement.
Nucleic Acids Res
; 44(W1): W406-9, 2016 07 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27131371
13.
UniCon3D: de novo protein structure prediction using united-residue conformational search via stepwise, probabilistic sampling.
Bioinformatics
; 32(18): 2791-9, 2016 09 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27259540
14.
FRAGSION: ultra-fast protein fragment library generation by IOHMM sampling.
Bioinformatics
; 32(13): 2059-61, 2016 07 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27153697
15.
ConEVA: a toolbox for comprehensive assessment of protein contacts.
BMC Bioinformatics
; 17(1): 517, 2016 Dec 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27923350
16.
DeepQA: improving the estimation of single protein model quality with deep belief networks.
BMC Bioinformatics
; 17(1): 495, 2016 Dec 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27919220
17.
Massive integration of diverse protein quality assessment methods to improve template based modeling in CASP11.
Proteins
; 84 Suppl 1: 247-59, 2016 09.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26369671
18.
Large-scale model quality assessment for improving protein tertiary structure prediction.
Bioinformatics
; 31(12): i116-23, 2015 Jun 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26072473
19.
CONFOLD: Residue-residue contact-guided ab initio protein folding.
Proteins
; 83(8): 1436-49, 2015 Aug.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25974172
20.
3Drefine: consistent protein structure refinement by optimizing hydrogen bonding network and atomic-level energy minimization.
Proteins
; 81(1): 119-31, 2013 Jan.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22927229