Detalles de la búsqueda
1.
SVDSS: structural variation discovery in hard-to-call genomic regions using sample-specific strings from accurate long reads.
Nat Methods
; 20(4): 550-558, 2023 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36550274
2.
RecGraph: recombination-aware alignment of sequences to variation graphs.
Bioinformatics
; 40(5)2024 May 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38676570
3.
µ- PBWT: a lightweight r-indexing of the PBWT for storing and querying UK Biobank data.
Bioinformatics
; 39(9)2023 09 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37688560
4.
MALVIRUS: an integrated application for viral variant analysis.
BMC Bioinformatics
; 22(Suppl 15): 625, 2022 Apr 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35439933
5.
Triplet-based similarity score for fully multilabeled trees with poly-occurring labels.
Bioinformatics
; 37(2): 178-184, 2021 04 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32730595
6.
Shark: fishing relevant reads in an RNA-Seq sample.
Bioinformatics
; 37(4): 464-472, 2021 05 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32926128
7.
Inferring cancer progression from Single-Cell Sequencing while allowing mutation losses.
Bioinformatics
; 37(3): 326-333, 2021 04 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32805010
8.
Computational graph pangenomics: a tutorial on data structures and their applications.
Nat Comput
; 21(1): 81-108, 2022 Mar.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36969737
9.
γ-TRIS: a graph-algorithm for comprehensive identification of vector genomic insertion sites.
Bioinformatics
; 36(5): 1622-1624, 2020 03 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31589304
10.
gpps: an ILP-based approach for inferring cancer progression with mutation losses from single cell data.
BMC Bioinformatics
; 21(Suppl 1): 413, 2020 Dec 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33297943
11.
HapCHAT: adaptive haplotype assembly for efficiently leveraging high coverage in long reads.
BMC Bioinformatics
; 19(1): 252, 2018 07 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29970002
12.
ASGAL: aligning RNA-Seq data to a splicing graph to detect novel alternative splicing events.
BMC Bioinformatics
; 19(1): 444, 2018 Nov 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30458725
13.
HapCol: accurate and memory-efficient haplotype assembly from long reads.
Bioinformatics
; 32(11): 1610-7, 2016 06 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26315913
14.
Further steps in TANGO: improved taxonomic assignment in metagenomics.
Bioinformatics
; 30(1): 17-23, 2014 Jan 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23645816
15.
Explaining evolution via constrained persistent perfect phylogeny.
BMC Genomics
; 15 Suppl 6: S10, 2014.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25572381
16.
ASPicDB: a database of annotated transcript and protein variants generated by alternative splicing.
Nucleic Acids Res
; 39(Database issue): D80-5, 2011 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21051348
17.
PIntron: a fast method for detecting the gene structure due to alternative splicing via maximal pairings of a pattern and a text.
BMC Bioinformatics
; 13 Suppl 5: S2, 2012 Apr 12.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22537006
18.
Finding Maximal Exact Matches Using the r-Index.
J Comput Biol
; 29(2): 188-194, 2022 02.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35041518
19.
Accurate and fast clade assignment via deep learning and frequency chaos game representation.
Gigascience
; 122022 12 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36576129
20.
Comparative genome analysis using sample-specific string detection in accurate long reads.
Bioinform Adv
; 1(1): vbab005, 2021.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36700094