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1.
Critical Assessment of Metagenome Interpretation-a benchmark of metagenomics software.
Nat Methods
; 14(11): 1063-1071, 2017 Nov.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28967888
2.
MeCorS: Metagenome-enabled error correction of single cell sequencing reads.
Bioinformatics
; 32(14): 2199-201, 2016 07 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27153586
3.
Fractionation of biogas plant sludge material improves metaproteomic characterization to investigate metabolic activity of microbial communities.
Proteomics
; 15(20): 3585-9, 2015 Oct.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26152594
4.
Tutorial: assessing metagenomics software with the CAMI benchmarking toolkit.
Nat Protoc
; 16(4): 1785-1801, 2021 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33649565
5.
Fine-tuning structural RNA alignments in the twilight zone.
BMC Bioinformatics
; 11: 222, 2010 Apr 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20433706
6.
CAMITAX: Taxon labels for microbial genomes.
Gigascience
; 9(1)2020 01 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31909794
7.
Predicting antimicrobial resistance in Pseudomonas aeruginosa with machine learning-enabled molecular diagnostics.
EMBO Mol Med
; 12(3): e10264, 2020 03 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32048461
8.
Assessing taxonomic metagenome profilers with OPAL.
Genome Biol
; 20(1): 51, 2019 03 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30832730
9.
CAMISIM: simulating metagenomes and microbial communities.
Microbiome
; 7(1): 17, 2019 02 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30736849
10.
Targeted in situ metatranscriptomics for selected taxa from mesophilic and thermophilic biogas plants.
Microb Biotechnol
; 11(4): 667-679, 2018 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29205917
11.
Assembly of the Lactuca sativa, L. cv. Tizian draft genome sequence reveals differences within major resistance complex 1 as compared to the cv. Salinas reference genome.
J Biotechnol
; 267: 12-18, 2018 Feb 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29278726
12.
Investigation of different nitrogen reduction routes and their key microbial players in wood chip-driven denitrification beds.
Sci Rep
; 7(1): 17028, 2017 12 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29208961
13.
Characterisation of a stable laboratory co-culture of acidophilic nanoorganisms.
Sci Rep
; 7(1): 3289, 2017 06 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28607432
14.
Metagenomics and CAZyme Discovery.
Methods Mol Biol
; 1588: 255-277, 2017.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28417375
15.
Genomics and prevalence of bacterial and archaeal isolates from biogas-producing microbiomes.
Biotechnol Biofuels
; 10: 264, 2017.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29158776
16.
Identification and genome reconstruction of abundant distinct taxa in microbiomes from one thermophilic and three mesophilic production-scale biogas plants.
Biotechnol Biofuels
; 9: 156, 2016.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27462367
17.
From Genomes to Phenotypes: Traitar, the Microbial Trait Analyzer.
mSystems
; 1(6)2016.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28066816
18.
An integrated metagenome and -proteome analysis of the microbial community residing in a biogas production plant.
J Biotechnol
; 231: 268-279, 2016 Aug 10.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27312700
19.
Genomic characterization of Defluviitoga tunisiensis L3, a key hydrolytic bacterium in a thermophilic biogas plant and its abundance as determined by metagenome fragment recruitment.
J Biotechnol
; 232: 50-60, 2016 Aug 20.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27165504
20.
Haploflow: strain-resolved de novo assembly of viral genomes.
Genome Biol
; 22(1): 212, 2021 07 19.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34281604