Detalles de la búsqueda
1.
ElemeNT 2023: an enhanced tool for detection and curation of core promoter elements.
Bioinformatics
; 40(3)2024 Mar 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38407414
2.
Computational identification and experimental characterization of preferred downstream positions in human core promoters.
PLoS Comput Biol
; 17(8): e1009256, 2021 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34383743
3.
EPD in 2020: enhanced data visualization and extension to ncRNA promoters.
Nucleic Acids Res
; 48(D1): D65-D69, 2020 01 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31680159
4.
SMiLE-seq identifies binding motifs of single and dimeric transcription factors.
Nat Methods
; 14(3): 316-322, 2017 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28092692
5.
SPar-K: a method to partition NGS signal data.
Bioinformatics
; 35(21): 4440-4441, 2019 11 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31116370
6.
MGA repository: a curated data resource for ChIP-seq and other genome annotated data.
Nucleic Acids Res
; 46(D1): D175-D180, 2018 01 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29069466
7.
PWMScan: a fast tool for scanning entire genomes with a position-specific weight matrix.
Bioinformatics
; 34(14): 2483-2484, 2018 07 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29514181
8.
SNP2TFBS - a database of regulatory SNPs affecting predicted transcription factor binding site affinity.
Nucleic Acids Res
; 45(D1): D139-D144, 2017 01 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27899579
9.
The eukaryotic promoter database in its 30th year: focus on non-vertebrate organisms.
Nucleic Acids Res
; 45(D1): D51-D55, 2017 01 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27899657
10.
Influence of Rotational Nucleosome Positioning on Transcription Start Site Selection in Animal Promoters.
PLoS Comput Biol
; 12(10): e1005144, 2016 Oct.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27716823
11.
The Eukaryotic Promoter Database: expansion of EPDnew and new promoter analysis tools.
Nucleic Acids Res
; 43(Database issue): D92-6, 2015 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25378343
12.
Predicting transcription factor site occupancy using DNA sequence intrinsic and cell-type specific chromatin features.
BMC Bioinformatics
; 17 Suppl 1: 4, 2016 Jan 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26818008
13.
The ChIP-Seq tools and web server: a resource for analyzing ChIP-seq and other types of genomic data.
BMC Genomics
; 17(1): 938, 2016 11 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27863463
14.
A maximum-likelihood approach for building cell-type trees by lifting.
BMC Genomics
; 17 Suppl 1: 14, 2016 Jan 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26819094
15.
Fifteen years SIB Swiss Institute of Bioinformatics: life science databases, tools and support.
Nucleic Acids Res
; 42(Web Server issue): W436-41, 2014 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24792157
16.
Probabilistic partitioning methods to find significant patterns in ChIP-Seq data.
Bioinformatics
; 30(17): 2406-13, 2014 Sep 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24812341
17.
UCNEbase--a database of ultraconserved non-coding elements and genomic regulatory blocks.
Nucleic Acids Res
; 41(Database issue): D101-9, 2013 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23193254
18.
EPD and EPDnew, high-quality promoter resources in the next-generation sequencing era.
Nucleic Acids Res
; 41(Database issue): D157-64, 2013 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23193273
19.
Classification of selectively constrained DNA elements using feature vectors and rule-based classifiers.
Genomics
; 104(2): 79-86, 2014 Aug.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25058025
20.
Study of cell differentiation by phylogenetic analysis using histone modification data.
BMC Bioinformatics
; 15: 269, 2014 Aug 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25104072