Detalles de la búsqueda
1.
Efficient parameterization of torsional terms for force fields.
J Comput Chem
; 35(19): 1438-45, 2014 Jul 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24831846
2.
Drug release by pH-responsive molecular tweezers: atomistic details from molecular modeling.
J Comput Chem
; 35(21): 1545-51, 2014 Aug 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24962869
3.
Efficient optimization of van der Waals parameters from bulk properties.
J Comput Chem
; 34(27): 2313-9, 2013 Oct 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23828265
4.
Transition state analysis of enolpyruvylshikimate 3-phosphate (EPSP) synthase (AroA)-catalyzed EPSP hydrolysis.
J Am Chem Soc
; 134(31): 12958-69, 2012 Aug 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22765279
5.
Transition state analysis of acid-catalyzed hydrolysis of an enol ether, enolpyruvylshikimate 3-phosphate (EPSP).
J Am Chem Soc
; 134(31): 12947-57, 2012 Aug 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22765168
6.
A parameterized, continuum electrostatic model for predicting protein pKa values.
Proteins
; 79(7): 2044-52, 2011 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21557315
7.
Empirical prediction of protein pKa values with residue mutation.
J Comput Chem
; 32(10): 2140-8, 2011 Jul 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21523791
8.
Quantum mechanics/molecular mechanics strategies for docking pose refinement: distinguishing between binders and decoys in cytochrome C peroxidase.
J Chem Inf Model
; 51(1): 93-101, 2011 Jan 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21133348
9.
Practical calculation of molecular acidity with the aid of a reference molecule.
J Phys Chem A
; 115(7): 1293-304, 2011 Feb 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21291187
10.
Interconversion study in 1,4-substituted six-membered cyclohexane-type rings. Structure and dynamics of trans-1,4-dibromo-1,4-dicyanocyclohexane.
J Phys Chem A
; 115(33): 9207-16, 2011 Aug 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21786756
11.
Methods for finding transition states on reduced potential energy surfaces.
J Chem Phys
; 132(23): 234110, 2010 Jun 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20572692
12.
Quasi-Newton parallel geometry optimization methods.
J Chem Phys
; 133(3): 034116, 2010 Jul 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20649317
13.
Moving least-squares enhanced Shepard interpolation for the fast marching and string methods.
J Chem Phys
; 130(2): 024103, 2009 Jan 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19154015
14.
Benchmarking pKa prediction methods for Lys115 in acetoacetate decarboxylase.
J Mol Model
; 23(5): 155, 2017 May.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28382418
15.
Quantum mechanics/molecular mechanics restrained electrostatic potential fitting.
J Phys Chem B
; 117(48): 14960-6, 2013 Dec 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24176005
16.
Automated Parametrization of AMBER Force Field Terms from Vibrational Analysis with a Focus on Functionalizing Dinuclear Zinc(II) Scaffolds.
J Chem Theory Comput
; 8(2): 554-62, 2012 Feb 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26596604
17.
Computational study of the binding modes of caffeine to the adenosine A2A receptor.
J Phys Chem B
; 115(47): 13880-90, 2011 Dec 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21970461
18.
Dual Grid Methods for Finding the Reaction Path on Reduced Potential Energy Surfaces.
J Chem Theory Comput
; 6(5): 1490-7, 2010 May 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26615686
19.
Linear-scaling quantum calculations using non-orthogonal localized molecular orbitals.
J Phys Condens Matter
; 20(29): 294209, 2008 Jul 23.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25076813
20.
Quantum mechanics/molecular mechanics minimum free-energy path for accurate reaction energetics in solution and enzymes: sequential sampling and optimization on the potential of mean force surface.
J Chem Phys
; 128(3): 034105, 2008 Jan 21.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-18205486