Detalles de la búsqueda
1.
Screening cell-cell communication in spatial transcriptomics via collective optimal transport.
Nat Methods
; 20(2): 218-228, 2023 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36690742
2.
Topological and geometric analysis of cell states in single-cell transcriptomic data.
Brief Bioinform
; 25(3)2024 Mar 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38632952
3.
Poisson-Boltzmann-based machine learning model for electrostatic analysis.
Biophys J
; 2024 Feb 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38356263
4.
Structural cavities are critical to balancing stability and activity of a membrane-integral enzyme.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 117(36): 22146-22156, 2020 09 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32848056
5.
A multiscale model via single-cell transcriptomics reveals robust patterning mechanisms during early mammalian embryo development.
PLoS Comput Biol
; 17(3): e1008571, 2021 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33684098
6.
A review of mathematical representations of biomolecular data.
Phys Chem Chem Phys
; 22(8): 4343-4367, 2020 Feb 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32067019
7.
Protein pocket detection via convex hull surface evolution and associated Reeb graph.
Bioinformatics
; 34(17): i830-i837, 2018 09 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30423105
8.
Representability of algebraic topology for biomolecules in machine learning based scoring and virtual screening.
PLoS Comput Biol
; 14(1): e1005929, 2018 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29309403
9.
Mathematical deep learning for pose and binding affinity prediction and ranking in D3R Grand Challenges.
J Comput Aided Mol Des
; 33(1): 71-82, 2019 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30116918
10.
Analysis and prediction of protein folding energy changes upon mutation by element specific persistent homology.
Bioinformatics
; 33(22): 3549-3557, 2017 Nov 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29036440
11.
TopologyNet: Topology based deep convolutional and multi-task neural networks for biomolecular property predictions.
PLoS Comput Biol
; 13(7): e1005690, 2017 Jul.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28749969
12.
Identifying multicellular spatiotemporal organization of cells with SpaceFlow.
Nat Commun
; 13(1): 4076, 2022 07 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35835774
13.
Deciphering tissue structure and function using spatial transcriptomics.
Commun Biol
; 5(1): 220, 2022 03 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35273328
14.
DEEPsc: A Deep Learning-Based Map Connecting Single-Cell Transcriptomics and Spatial Imaging Data.
Front Genet
; 12: 636743, 2021.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33833776
15.
SCAN-IT: Domain segmentation of spatial transcriptomics images by graph neural network.
BMVC
; 322021 Nov.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36227018
16.
The landscape of cell-cell communication through single-cell transcriptomics.
Curr Opin Syst Biol
; 26: 12-23, 2021 Jun.
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| MEDLINE | ID: mdl-33969247
17.
Charge substitutions at the voltage-sensing module of domain III enhance actions of site-3 and site-4 toxins on an insect sodium channel.
Insect Biochem Mol Biol
; 137: 103625, 2021 10.
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| MEDLINE | ID: mdl-34358664
18.
Single-cell transcriptomic analysis of zebrafish cranial neural crest reveals spatiotemporal regulation of lineage decisions during development.
Cell Rep
; 37(12): 110140, 2021 12 21.
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| MEDLINE | ID: mdl-34936864
19.
A Study of Gene Expression, Structure, and Contractility of iPSC-Derived Cardiac Myocytes from a Family with Heart Disease due to LMNA Mutation.
Ann Biomed Eng
; 49(12): 3524-3539, 2021 Dec.
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| MEDLINE | ID: mdl-34585335
20.
Persistent Cohomology for Data With Multicomponent Heterogeneous Information.
SIAM J Math Data Sci
; 2(2): 396-418, 2020.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34222831