Detalles de la búsqueda
1.
Physicochemical models of protein-DNA binding with standard and modified base pairs.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 120(4): e2205796120, 2023 01 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36656856
2.
Probing the role of the protonation state of a minor groove-linker histidine in Exd-Hox-DNA binding.
Biophys J
; 123(2): 248-259, 2024 Jan 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38130056
3.
Top-Down Crawl: a method for the ultra-rapid and motif-free alignment of sequences with associated binding metrics.
Bioinformatics
; 38(22): 5121-5123, 2022 11 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36179084
4.
Epigenetic competition reveals density-dependent regulation and target site plasticity of phosphorothioate epigenetics in bacteria.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 117(25): 14322-14330, 2020 06 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32518115
5.
TFBSshape: an expanded motif database for DNA shape features of transcription factor binding sites.
Nucleic Acids Res
; 48(D1): D246-D255, 2020 01 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31665425
6.
Experimental maps of DNA structure at nucleotide resolution distinguish intrinsic from protein-induced DNA deformations.
Nucleic Acids Res
; 46(5): 2636-2647, 2018 03 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29390080
7.
Expanding the repertoire of DNA shape features for genome-scale studies of transcription factor binding.
Nucleic Acids Res
; 45(22): 12877-12887, 2017 Dec 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29165643
8.
Genome-wide prediction of minor-groove electrostatic potential enables biophysical modeling of protein-DNA binding.
Nucleic Acids Res
; 45(21): 12565-12576, 2017 Dec 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29040720
9.
It is in the flanks: Conformational flexibility of transcription factor binding sites.
Biophys J
; 121(20): 3765-3767, 2022 10 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36182667
10.
DNAshapeR: an R/Bioconductor package for DNA shape prediction and feature encoding.
Bioinformatics
; 32(8): 1211-3, 2016 04 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26668005
11.
GBshape: a genome browser database for DNA shape annotations.
Nucleic Acids Res
; 43(Database issue): D103-9, 2015 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25326329
12.
Predicting DNA structure using a deep learning method.
Nat Commun
; 15(1): 1243, 2024 Feb 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38336958
13.
Targeting circadian transcriptional programs in triple negative breast cancer through a cis-regulatory mechanism.
bioRxiv
; 2024 May 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38746115
14.
Deep DNAshape: Predicting DNA shape considering extended flanking regions using a deep learning method.
bioRxiv
; 2023 Oct 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37961633
15.
DeepPBS: Geometric deep learning for interpretable prediction of protein-DNA binding specificity.
bioRxiv
; 2023 Dec 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38293168
16.
Macrophages activated by hepatitis B virus have distinct metabolic profiles and suppress the virus via IL-1ß to downregulate PPARα and FOXO3.
Cell Rep
; 38(4): 110284, 2022 01 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35081341
17.
Systematic prediction of DNA shape changes due to CpG methylation explains epigenetic effects on protein-DNA binding.
Epigenetics Chromatin
; 11(1): 6, 2018 02 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29409522
18.
Macrophages activated by hepatitis B virus have distinct metabolic profiles and suppress the virus via IL-1ß to downregulate PPARα and FOXO3.
Cell Rep
; 40(1): 111068, 2022 Jul 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35793631
19.
DNA Shape Features Improve Transcription Factor Binding Site Predictions In Vivo.
Cell Syst
; 3(3): 278-286.e4, 2016 09 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27546793
20.
Mechanistic insights into metal ion activation and operator recognition by the ferric uptake regulator.
Nat Commun
; 6: 7642, 2015 Jul 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26134419