Detalles de la búsqueda
1.
Critical Assessment of Metagenome Interpretation: the second round of challenges.
Nat Methods
; 19(4): 429-440, 2022 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35396482
2.
ARGprofiler-a pipeline for large-scale analysis of antimicrobial resistance genes and their flanking regions in metagenomic datasets.
Bioinformatics
; 40(3)2024 Mar 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38377397
3.
Scaling neighbor joining to one million taxa with dynamic and heuristic neighbor joining.
Bioinformatics
; 39(1)2023 01 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36453849
4.
Automated download and clean-up of family-specific databases for kmer-based virus identification.
Bioinformatics
; 37(5): 705-710, 2021 05 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33031509
5.
CRHP Finder, a webtool for the detection of clarithromycin resistance in Helicobacter pylori from whole-genome sequencing data.
Helicobacter
; 25(6): e12752, 2020 Dec.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32844531
6.
Head to head: the case for fighting behaviour in Megaloceros giganteus using finite-element analysis.
Proc Biol Sci
; 286(1912): 20191873, 2019 10 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31594504
7.
LRE-Finder, a Web tool for detection of the 23S rRNA mutations and the optrA, cfr, cfr(B) and poxtA genes encoding linezolid resistance in enterococci from whole-genome sequences.
J Antimicrob Chemother
; 74(6): 1473-1476, 2019 06 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30863844
8.
Rapid and precise alignment of raw reads against redundant databases with KMA.
BMC Bioinformatics
; 19(1): 307, 2018 Aug 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30157759
9.
The remarkable convergence of skull shape in crocodilians and toothed whales.
Proc Biol Sci
; 284(1850)2017 Mar 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28275142
10.
Benchmarking of methods for identification of antimicrobial resistance genes in bacterial whole genome data.
J Antimicrob Chemother
; 71(9): 2484-8, 2016 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27365186
11.
The European livestock resistome.
mSystems
; 9(4): e0132823, 2024 Apr 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38501800
12.
Nanopore sequencing technology for clinical diagnosis of infectious diseases where laboratory capacity is meager: A case report.
Heliyon
; 9(7): e17439, 2023 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37539288
13.
ResFinder - an open online resource for identification of antimicrobial resistance genes in next-generation sequencing data and prediction of phenotypes from genotypes.
Microb Genom
; 8(1)2022 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35072601
14.
SourceFinder: a Machine-Learning-Based Tool for Identification of Chromosomal, Plasmid, and Bacteriophage Sequences from Assemblies.
Microbiol Spectr
; 10(6): e0264122, 2022 12 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36377945
15.
PlasmidHostFinder: Prediction of Plasmid Hosts Using Random Forest.
mSystems
; 7(2): e0118021, 2022 04 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35382558
16.
Metagenomic DNA sequencing for semi-quantitative pathogen detection from urine: a prospective, laboratory-based, proof-of-concept study.
Lancet Microbe
; 3(8): e588-e597, 2022 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35688170
17.
MINTyper: an outbreak-detection method for accurate and rapid SNP typing of clonal clusters with noisy long reads.
Biol Methods Protoc
; 6(1): bpab008, 2021.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33981853
18.
CCMetagen: comprehensive and accurate identification of eukaryotes and prokaryotes in metagenomic data.
Genome Biol
; 21(1): 103, 2020 04 28.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32345331
19.
Metaphylogenetic analysis of global sewage reveals that bacterial strains associated with human disease show less degree of geographic clustering.
Sci Rep
; 10(1): 3033, 2020 02 20.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32080241
20.
Improved Resistance Prediction in Mycobacterium tuberculosis by Better Handling of Insertions and Deletions, Premature Stop Codons, and Filtering of Non-informative Sites.
Front Microbiol
; 10: 2464, 2019.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31736907