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1.
Cell biology is .
Cell
; 187(2): 219-224, 2024 01 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38242078
2.
High-sensitivity measurements of multiple kinase activities in live single cells.
Cell
; 157(7): 1724-34, 2014 Jun 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24949979
3.
A whole-cell computational model predicts phenotype from genotype.
Cell
; 150(2): 389-401, 2012 Jul 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22817898
4.
Whole-cell modeling of E. coli confirms that in vitro tRNA aminoacylation measurements are insufficient to support cell growth and predicts a positive feedback mechanism regulating arginine biosynthesis.
Nucleic Acids Res
; 51(12): 5911-5930, 2023 07 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37224536
5.
An optimized reporter of the transcription factor hypoxia-inducible factor 1α reveals complex HIF-1α activation dynamics in single cells.
J Biol Chem
; 299(4): 104599, 2023 04.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36907438
6.
Whole-cell modeling of E. coli colonies enables quantification of single-cell heterogeneity in antibiotic responses.
PLoS Comput Biol
; 19(6): e1011232, 2023 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37327241
7.
Vivarium: an interface and engine for integrative multiscale modeling in computational biology.
Bioinformatics
; 38(7): 1972-1979, 2022 03 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35134830
8.
Deep learning for cellular image analysis.
Nat Methods
; 16(12): 1233-1246, 2019 12.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31133758
9.
An energetic reformulation of kinetic rate laws enables scalable parameter estimation for biochemical networks.
J Theor Biol
; 461: 145-156, 2019 01 14.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30365946
10.
Deep Learning Automates the Quantitative Analysis of Individual Cells in Live-Cell Imaging Experiments.
PLoS Comput Biol
; 12(11): e1005177, 2016 Nov.
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| MEDLINE | ID: mdl-27814364
11.
Nonlytic viral spread enhanced by autophagy components.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 111(36): 13081-6, 2014 Sep 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25157142
12.
Accelerated discovery via a whole-cell model.
Nat Methods
; 10(12): 1192-5, 2013 Dec.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24185838
13.
Summary of the DREAM8 Parameter Estimation Challenge: Toward Parameter Identification for Whole-Cell Models.
PLoS Comput Biol
; 11(5): e1004096, 2015 May.
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| MEDLINE | ID: mdl-26020786
14.
Single-cell NF-kappaB dynamics reveal digital activation and analogue information processing.
Nature
; 466(7303): 267-71, 2010 Jul 08.
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| MEDLINE | ID: mdl-20581820
15.
NetworkPainter: dynamic intracellular pathway animation in Cytobank.
BMC Bioinformatics
; 16: 172, 2015 May 25.
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| MEDLINE | ID: mdl-26003204
16.
WholeCellKB: model organism databases for comprehensive whole-cell models.
Nucleic Acids Res
; 41(Database issue): D787-92, 2013 Jan.
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| MEDLINE | ID: mdl-23175606
17.
Incorporation of flexible objectives and time-linked simulation with flux balance analysis.
J Theor Biol
; 345: 12-21, 2014 Mar 21.
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| MEDLINE | ID: mdl-24361328
18.
Integrating multiplexed imaging and multiscale modeling identifies tumor phenotype conversion as a critical component of therapeutic T cell efficacy.
Cell Syst
; 15(4): 322-338.e5, 2024 Apr 17.
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| MEDLINE | ID: mdl-38636457
19.
Cross-evaluation of E. coli's operon structures via a whole-cell model suggests alternative cellular benefits for low- versus high-expressing operons.
Cell Syst
; 15(3): 227-245.e7, 2024 Mar 20.
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| MEDLINE | ID: mdl-38417437
20.
WholeCellViz: data visualization for whole-cell models.
BMC Bioinformatics
; 14: 253, 2013 Aug 21.
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| MEDLINE | ID: mdl-23964998