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1.
MDSR-NMF: Multiple deconstruction single reconstruction deep neural network model for non-negative matrix factorization.
Network
; 34(4): 306-342, 2023.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37818635
2.
Estimating gene expression from DNA methylation and copy number variation: A deep learning regression model for multi-omics integration.
Genomics
; 112(4): 2833-2841, 2020 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32234433
3.
Second order optimization for the inference of gene regulatory pathways.
Stat Appl Genet Mol Biol
; 13(1): 19-33, 2014 Feb.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24285130
4.
ENLIGHTENMENT: A Scalable Annotated Database of Genomics and NGS-Based Nucleotide Level Profiles.
IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform
; 21(1): 155-168, 2024.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38055361
5.
An integrated pathway system modeling of Saccharomyces cerevisiae HOG pathway: a Petri net based approach.
Mol Biol Rep
; 40(2): 1103-25, 2013 Feb.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-23086300
6.
Unsupervised neural network for single cell Multi-omics INTegration (UMINT): an application to health and disease.
Front Mol Biosci
; 10: 1184748, 2023.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37293552
7.
Modeling host-pathogen interactions: H. sapiens as a host and C. difficile as a pathogen.
J Mol Recognit
; 25(9): 474-85, 2012 Sep.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22899591
8.
Block Search Stochastic Simulation Algorithm (BlSSSA): A Fast Stochastic Simulation Algorithm for Modeling Large Biochemical Networks.
IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform
; 19(4): 2111-2123, 2022.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33788690
9.
GenSeg and MR-GenSeg: A Novel Segmentation Algorithm and its Parallel MapReduce Based Approach for Identifying Genomic Regions With Copy Number Variations.
IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform
; 19(1): 443-454, 2022.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32750860
10.
Epidemiological challenges in pandemic coronavirus disease (COVID-19): Role of artificial intelligence.
Wiley Interdiscip Rev Data Min Knowl Discov
; 12(4): e1462, 2022.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35942397
11.
A control theoretic three timescale model for analyzing energy management in mammalian cancer cells.
Comput Struct Biotechnol J
; 19: 477-508, 2021.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33510857
12.
Immunoinformatics: an integrated scenario.
Immunology
; 131(2): 153-68, 2010 Oct.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20722763
13.
Bi-correlation clustering algorithm for determining a set of co-regulated genes.
Bioinformatics
; 25(21): 2795-801, 2009 Nov 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-19734153
14.
Average correlation clustering algorithm (ACCA) for grouping of co-regulated genes with similar pattern of variation in their expression values.
J Biomed Inform
; 43(4): 560-8, 2010 Aug.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20144735
15.
Metabolic pathway engineering: Perspectives and applications.
Comput Methods Programs Biomed
; 192: 105436, 2020 Aug.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32199314
16.
ASAPP: Architectural Similarity-Based Automated Pathway Prediction System and Its Application in Host-Pathogen Interactions.
IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform
; 17(2): 506-515, 2020.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30281472
17.
Catestatin improves insulin sensitivity by attenuating endoplasmic reticulum stress: In vivo and in silico validation.
Comput Struct Biotechnol J
; 18: 464-481, 2020.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32180905
18.
Divisive Correlation Clustering Algorithm (DCCA) for grouping of genes: detecting varying patterns in expression profiles.
Bioinformatics
; 24(11): 1359-66, 2008 Jun 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-18407922
19.
Interval based fuzzy systems for identification of important genes from microarray gene expression data: Application to carcinogenic development.
J Biomed Inform
; 42(6): 1022-8, 2009 Dec.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-19591962
20.
PyPredT6: A python-based prediction tool for identification of Type VI effector proteins.
J Bioinform Comput Biol
; 17(3): 1950019, 2019 06.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31288641