Detalles de la búsqueda
1.
Molecular Dynamics and Machine Learning Give Insights on the Flexibility-Activity Relationships in Tyrosine Kinome.
J Chem Inf Model
; 63(15): 4814-4826, 2023 08 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37462363
2.
On the allosteric puzzle and pocket crosstalk through computational means.
J Chem Phys
; 158(16)2023 Apr 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37093144
3.
Thermodynamics and Kinetics of Drug-Target Binding by Molecular Simulation.
Chem Rev
; 120(23): 12788-12833, 2020 12 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33006893
4.
Spathial: an R package for the evolutionary analysis of biological data.
Bioinformatics
; 36(17): 4664-4667, 2020 11 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32437522
5.
NanoShaper-VMD interface: computing and visualizing surfaces, pockets and channels in molecular systems.
Bioinformatics
; 35(7): 1241-1243, 2019 04 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30169777
6.
BiKi Life Sciences: A New Suite for Molecular Dynamics and Related Methods in Drug Discovery.
J Chem Inf Model
; 58(2): 219-224, 2018 02 26.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29338240
7.
A Pipeline To Enhance Ligand Virtual Screening: Integrating Molecular Dynamics and Fingerprints for Ligand and Proteins.
J Chem Inf Model
; 55(10): 2256-74, 2015 Oct 26.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26355717
8.
Sources of biases in the in vitro testing of nanomaterials: the role of the biomolecular corona.
Nanoscale Horiz
; 9(5): 799-816, 2024 Apr 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38563642
9.
Addendum to BiKi Life Sciences: A New Suite for Molecular Dynamics and Related Methods in Drug Discovery.
J Chem Inf Model
; 58(8): 1721, 2018 Aug 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30074778
10.
Probabilistic Pocket Druggability Prediction via One-Class Learning.
Front Pharmacol
; 13: 870479, 2022.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35847005
11.
Probing Interplays between Human XBP1u Translational Arrest Peptide and 80S Ribosome.
J Chem Theory Comput
; 18(3): 1905-1914, 2022 Mar 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34881571
12.
Machine Learning and Enhanced Sampling Simulations for Computing the Potential of Mean Force and Standard Binding Free Energy.
J Chem Theory Comput
; 17(8): 5287-5300, 2021 Aug 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34260233
13.
Opportunities and Challenges for Machine Learning in Rare Diseases.
Front Med (Lausanne)
; 8: 747612, 2021.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34676229
14.
Molecular Recognition by Gold Nanoparticle-Based Receptors as Defined through Surface Morphology and Pockets Fingerprint.
J Phys Chem Lett
; 12(23): 5616-5622, 2021 Jun 17.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34110174
15.
Multi-target dopamine D3 receptor modulators: Actionable knowledge for drug design from molecular dynamics and machine learning.
Eur J Med Chem
; 188: 111975, 2020 Feb 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31940507
16.
Finding Principal Paths in Data Space.
IEEE Trans Neural Netw Learn Syst
; 30(8): 2449-2462, 2019 Aug.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30596587
17.
Investigating Drug-Target Residence Time in Kinases through Enhanced Sampling Simulations.
J Chem Theory Comput
; 15(8): 4646-4659, 2019 Aug 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31246463
18.
Fast Dynamic Docking Guided by Adaptive Electrostatic Bias: The MD-Binding Approach.
J Chem Theory Comput
; 14(3): 1727-1736, 2018 Mar 13.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29351374
19.
Import Vector Domain Description: A Kernel Logistic One-Class Learning Algorithm.
IEEE Trans Neural Netw Learn Syst
; 28(7): 1722-1729, 2017 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27093710
20.
Allosteric Communication Networks in Proteins Revealed through Pocket Crosstalk Analysis.
ACS Cent Sci
; 3(9): 949-960, 2017 Sep 27.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28979936