Detalles de la búsqueda
1.
Incorporating alignment uncertainty into Felsenstein's phylogenetic bootstrap to improve its reliability.
Bioinformatics
; 37(11): 1506-1514, 2021 Jul 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30726875
2.
Generalized Bootstrap Supports for Phylogenetic Analyses of Protein Sequences Incorporating Alignment Uncertainty.
Syst Biol
; 67(6): 997-1009, 2018 11 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30295908
3.
TCS: a web server for multiple sequence alignment evaluation and phylogenetic reconstruction.
Nucleic Acids Res
; 43(W1): W3-6, 2015 Jul 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25855806
4.
SARA-Coffee web server, a tool for the computation of RNA sequence and structure multiple alignments.
Nucleic Acids Res
; 42(Web Server issue): W356-60, 2014 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24972831
5.
TCS: a new multiple sequence alignment reliability measure to estimate alignment accuracy and improve phylogenetic tree reconstruction.
Mol Biol Evol
; 31(6): 1625-37, 2014 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24694831
6.
T-RMSD: a web server for automated fine-grained protein structural classification.
Nucleic Acids Res
; 41(Web Server issue): W358-62, 2013 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23716642
7.
AMPA: an automated web server for prediction of protein antimicrobial regions.
Bioinformatics
; 28(1): 130-1, 2012 Jan 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22053077
8.
T-Coffee: a web server for the multiple sequence alignment of protein and RNA sequences using structural information and homology extension.
Nucleic Acids Res
; 39(Web Server issue): W13-7, 2011 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21558174
9.
Accurate multiple sequence alignment of transmembrane proteins with PSI-Coffee.
BMC Bioinformatics
; 13 Suppl 4: S1, 2012 Mar 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22536955
10.
Cloud-Coffee: implementation of a parallel consistency-based multiple alignment algorithm in the T-Coffee package and its benchmarking on the Amazon Elastic-Cloud.
Bioinformatics
; 26(15): 1903-4, 2010 Aug 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-20605929
11.
Multiple Sequence Alignment Computation Using the T-Coffee Regressive Algorithm Implementation.
Methods Mol Biol
; 2231: 89-97, 2021.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33289888
12.
Large multiple sequence alignments with a root-to-leaf regressive method.
Nat Biotechnol
; 37(12): 1466-1470, 2019 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31792410
13.
Scalable Workflows and Reproducible Data Analysis for Genomics.
Methods Mol Biol
; 1910: 723-745, 2019.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31278683
14.
The impact of Docker containers on the performance of genomic pipelines.
PeerJ
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26421241
15.
The nf-core framework for community-curated bioinformatics pipelines.
Nat Biotechnol
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32055031
16.
T-Coffee: Tree-based consistency objective function for alignment evaluation.
Methods Mol Biol
; 1079: 117-29, 2014.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24170398
17.
Nextflow enables reproducible computational workflows.
Nat Biotechnol
; 35(4): 316-319, 2017 04 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28398311
18.
Using the T-Coffee package to build multiple sequence alignments of protein, RNA, DNA sequences and 3D structures.
Nat Protoc
; 6(11): 1669-82, 2011 Nov.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-21979275
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