Detalles de la búsqueda
1.
GENERALIST: A latent space based generative model for protein sequence families.
PLoS Comput Biol
; 19(11): e1011655, 2023 Nov.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38011273
2.
Quantifying spatiotemporal variability and noise in absolute microbiota abundances using replicate sampling.
Nat Methods
; 16(8): 731-736, 2019 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31308552
3.
SiGMoiD: A super-statistical generative model for binary data.
PLoS Comput Biol
; 17(8): e1009275, 2021 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34358223
4.
The Maximum Caliber Variational Principle for Nonequilibria.
Annu Rev Phys Chem
; 71: 213-238, 2020 04 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32075515
5.
Introducing User-Prescribed Constraints in Markov Chains for Nonlinear Dimensionality Reduction.
Neural Comput
; 31(5): 980-997, 2019 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30883279
6.
Building Markov state models using optimal transport theory.
J Chem Phys
; 150(5): 054105, 2019 Feb 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30736685
7.
Perspective: Maximum caliber is a general variational principle for dynamical systems.
J Chem Phys
; 148(1): 010901, 2018 Jan 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29306272
8.
Recombinant transfer in the basic genome of Escherichia coli.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 112(29): 9070-5, 2015 Jul 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26153419
9.
Mini-grand canonical ensemble: Chemical potential in the solvation shell.
J Chem Phys
; 147(16): 164901, 2017 Oct 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29096517
10.
A maximum entropy framework for nonexponential distributions.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 110(51): 20380-5, 2013 Dec 17.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24297895
11.
Detecting temperature fluctuations at equilibrium.
Phys Chem Chem Phys
; 17(19): 13000-5, 2015 May 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25912565
12.
Communication: Maximum caliber is a general variational principle for nonequilibrium statistical mechanics.
J Chem Phys
; 143(5): 051104, 2015 Aug 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26254635
13.
Evolutionary capacitance and control of protein stability in protein-protein interaction networks.
PLoS Comput Biol
; 9(4): e1003023, 2013 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23592969
14.
Quantifying extrinsic noise in gene expression using the maximum entropy framework.
Biophys J
; 104(12): 2743-50, 2013 Jun 18.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23790383
15.
A maximum entropy thermodynamics of small systems.
J Chem Phys
; 138(18): 184111, 2013 May 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23676033
16.
EMBED: Essential MicroBiomE Dynamics, a dimensionality reduction approach for longitudinal microbiome studies.
NPJ Syst Biol Appl
; 9(1): 26, 2023 06 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37339950
17.
Cancer cells depend on environmental lipids for proliferation when electron acceptors are limited.
Nat Metab
; 4(6): 711-723, 2022 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35739397
18.
The role of bulk protein in local models of ion-binding to proteins: comparative study of KcsA, its semisynthetic analog with a locked-in binding site, and valinomycin.
Biophys J
; 100(6): 1542-9, 2011 Mar 16.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-21402037
19.
Separating the role of protein restraints and local metal-site interaction chemistry in the thermodynamics of a zinc finger protein.
Biophys J
; 101(6): 1459-66, 2011 Sep 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21943427
20.
Ion-water clusters, bulk medium effects, and ion hydration.
J Chem Phys
; 135(5): 054505, 2011 Aug 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-21823710