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1.
Longitudinal Multi-omics Analyses Identify Responses of Megakaryocytes, Erythroid Cells, and Plasmablasts as Hallmarks of Severe COVID-19.
Immunity
; 53(6): 1296-1314.e9, 2020 12 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33296687
2.
Hierarchical modelling of microbial communities.
Bioinformatics
; 39(1)2023 01 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36655763
3.
SBOannotator: a Python tool for the automated assignment of systems biology ontology terms.
Bioinformatics
; 39(7)2023 07 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37449910
4.
New workflow predicts drug targets against SARS-CoV-2 via metabolic changes in infected cells.
PLoS Comput Biol
; 19(3): e1010903, 2023 03.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36952396
5.
The systems biology simulation core library.
Bioinformatics
; 38(3): 864-865, 2022 01 12.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34554191
6.
SysMod: the ISCB community for data-driven computational modelling and multi-scale analysis of biological systems.
Bioinformatics
; 37(21): 3702-3706, 2021 11 05.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34179955
7.
COVID19 Disease Map, a computational knowledge repository of virus-host interaction mechanisms.
Mol Syst Biol
; 17(10): e10387, 2021 10.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-34664389
8.
BiGG Models 2020: multi-strain genome-scale models and expansion across the phylogenetic tree.
Nucleic Acids Res
; 48(D1): D402-D406, 2020 01 08.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31696234
9.
Harmonizing semantic annotations for computational models in biology.
Brief Bioinform
; 20(2): 540-550, 2019 03 22.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30462164
10.
FBA reveals guanylate kinase as a potential target for antiviral therapies against SARS-CoV-2.
Bioinformatics
; 36(Suppl 2): i813-i821, 2020 12 30.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33381848
11.
Community standards to facilitate development and address challenges in metabolic modeling.
Mol Syst Biol
; 16(8): e9235, 2020 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32845080
12.
SBML Level 3: an extensible format for the exchange and reuse of biological models.
Mol Syst Biol
; 16(8): e9110, 2020 08.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32845085
13.
Visualizing metabolic network dynamics through time-series metabolomic data.
BMC Bioinformatics
; 21(1): 130, 2020 Apr 03.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32245365
14.
Systematic discovery of uncharacterized transcription factors in Escherichia coli K-12 MG1655.
Nucleic Acids Res
; 46(20): 10682-10696, 2018 11 16.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30137486
15.
The 2017 Network Tools and Applications in Biology (NETTAB) workshop: aims, topics and outcomes.
BMC Bioinformatics
; 20(Suppl 4): 125, 2019 Apr 18.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30999855
16.
BiGG Models: A platform for integrating, standardizing and sharing genome-scale models.
Nucleic Acids Res
; 44(D1): D515-22, 2016 Jan 04.
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| MEDLINE | ID: mdl-26476456
17.
Systems biology definition of the core proteome of metabolism and expression is consistent with high-throughput data.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 112(34): 10810-5, 2015 Aug 25.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26261351
18.
COVID-19 Disease Map, a computational knowledge repository of virus-host interaction mechanisms.
Mol Syst Biol
; 17(12): e10851, 2021 Dec.
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| MEDLINE | ID: mdl-34939300
19.
Coordinating Role of RXRα in Downregulating Hepatic Detoxification during Inflammation Revealed by Fuzzy-Logic Modeling.
PLoS Comput Biol
; 12(1): e1004431, 2016 Jan.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26727233
20.
JSBML 1.0: providing a smorgasbord of options to encode systems biology models.
Bioinformatics
; 31(20): 3383-6, 2015 Oct 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26079347