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1.
Dynamic chromatin regulatory landscape of human CAR T cell exhaustion.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 118(30)2021 07 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34285077
2.
Time course regulatory analysis based on paired expression and chromatin accessibility data.
Genome Res
; 30(4): 622-634, 2020 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32188700
3.
GuidingNet: revealing transcriptional cofactor and predicting binding for DNA methyltransferase by network regularization.
Brief Bioinform
; 22(4)2021 07 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33048117
4.
MIMIC: an optimization method to identify cell type-specific marker panel for cell sorting.
Brief Bioinform
; 22(6)2021 11 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34180954
5.
A method for scoring the cell type-specific impacts of noncoding variants in personal genomes.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 117(35): 21364-21372, 2020 09 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32817564
6.
Integrated functional genomic analyses of Klinefelter and Turner syndromes reveal global network effects of altered X chromosome dosage.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 117(9): 4864-4873, 2020 03 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32071206
7.
Integrative analysis of single-cell genomics data by coupled nonnegative matrix factorizations.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 115(30): 7723-7728, 2018 07 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29987051
8.
Modeling gene regulation from paired expression and chromatin accessibility data.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 114(25): E4914-E4923, 2017 06 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28576882
9.
Inferring gene regulatory networks from single-cell multiome data using atlas-scale external data.
Nat Biotechnol
; 2024 Apr 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38609714
10.
Joint inference of clonal structure using single-cell genome and transcriptome sequencing data.
NAR Genom Bioinform
; 6(1): lqae017, 2024 Mar.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38486887
11.
Continuous lifelong learning for modeling of gene regulation from single cell multiome data by leveraging atlas-scale external data.
bioRxiv
; 2023 Aug 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37577525
12.
Integration of single-cell multi-omics data by regression analysis on unpaired observations.
Genome Biol
; 23(1): 160, 2022 07 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35854350
13.
Human Genetic Variants Associated with COVID-19 Severity are Enriched in Immune and Epithelium Regulatory Networks.
Phenomics
; 2(6): 389-403, 2022 Dec.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35990388
14.
Regulatory analysis of single cell multiome gene expression and chromatin accessibility data with scREG.
Genome Biol
; 23(1): 114, 2022 05 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35578363
15.
Heritability enrichment in context-specific regulatory networks improves phenotype-relevant tissue identification.
Elife
; 112022 12 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36525361
16.
Modeling regulatory network topology improves genome-wide analyses of complex human traits.
Nat Commun
; 12(1): 2851, 2021 05 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33990562
17.
hReg-CNCC reconstructs a regulatory network in human cranial neural crest cells and annotates variants in a developmental context.
Commun Biol
; 4(1): 442, 2021 04 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33824393
18.
Sc-compReg enables the comparison of gene regulatory networks between conditions using single-cell data.
Nat Commun
; 12(1): 4763, 2021 08 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34362918
19.
Chromatin accessibility landscape and regulatory network of high-altitude hypoxia adaptation.
Nat Commun
; 11(1): 4928, 2020 10 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33004791
20.
DC3 is a method for deconvolution and coupled clustering from bulk and single-cell genomics data.
Nat Commun
; 10(1): 4613, 2019 10 10.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31601804