Detalles de la búsqueda
1.
Modeling and predicting cancer clonal evolution with reinforcement learning.
Genome Res
; 33(7): 1078-1088, 2023 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37344104
2.
Phertilizer: Growing a clonal tree from ultra-low coverage single-cell DNA sequencing of tumors.
PLoS Comput Biol
; 19(10): e1011544, 2023 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37819942
3.
Accurate Identification of Transcription Regulatory Sequences and Genes in Coronaviruses.
Mol Biol Evol
; 39(7)2022 07 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35700225
4.
CNAViz: An interactive webtool for user-guided segmentation of tumor DNA sequencing data.
PLoS Comput Biol
; 18(10): e1010614, 2022 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36228003
5.
OFraMP: a fragment-based tool to facilitate the parametrization of large molecules.
J Comput Aided Mol Des
; 37(8): 357-371, 2023 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37310542
6.
doubletD: detecting doublets in single-cell DNA sequencing data.
Bioinformatics
; 37(Suppl_1): i214-i221, 2021 07 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34252961
7.
Design of SARS-CoV-2 Variant-Specific PCR Assays Considering Regional and Temporal Characteristics.
Appl Environ Microbiol
; 88(7): e0228921, 2022 04 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35285246
8.
ClonArch: visualizing the spatial clonal architecture of tumors.
Bioinformatics
; 36(Suppl_1): i161-i168, 2020 07 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32657368
9.
Sampling and summarizing transmission trees with multi-strain infections.
Bioinformatics
; 36(Suppl_1): i362-i370, 2020 07 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32657399
10.
Detecting evolutionary patterns of cancers using consensus trees.
Bioinformatics
; 36(Suppl_2): i684-i691, 2020 12 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33381820
11.
PhyDOSE: Design of follow-up single-cell sequencing experiments of tumors.
PLoS Comput Biol
; 16(10): e1008240, 2020 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33001973
12.
Summarizing the solution space in tumor phylogeny inference by multiple consensus trees.
Bioinformatics
; 35(14): i408-i416, 2019 07 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31510657
13.
SPhyR: tumor phylogeny estimation from single-cell sequencing data under loss and error.
Bioinformatics
; 34(17): i671-i679, 2018 09 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30423070
14.
metaModules identifies key functional subnetworks in microbiome-related disease.
Bioinformatics
; 32(11): 1678-85, 2016 06 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26342232
15.
Reconstruction of clonal trees and tumor composition from multi-sample sequencing data.
Bioinformatics
; 31(12): i62-70, 2015 Jun 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26072510
16.
xHeinz: an algorithm for mining cross-species network modules under a flexible conservation model.
Bioinformatics
; 31(19): 3147-55, 2015 Oct 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26023104
17.
eXamine: exploring annotated modules in networks.
BMC Bioinformatics
; 15: 201, 2014 Jul 10.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25002203
18.
Consensus Tree Under the Ancestor-Descendant Distance is NP-Hard.
J Comput Biol
; 31(1): 58-70, 2024 Jan.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38010616
19.
Enforcing Temporal Consistency in Migration History Inference.
J Comput Biol
; 31(5): 396-415, 2024 05.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38754138
20.
DERNA Enables Pareto Optimal RNA Design.
J Comput Biol
; 31(3): 179-196, 2024 03.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38416637