Detalles de la búsqueda
1.
The use of machine learning to discover regulatory networks controlling biological systems.
Mol Cell
; 82(2): 260-273, 2022 01 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35016036
2.
Leveraging multi-omics data to empower quantitative systems pharmacology in immuno-oncology.
Brief Bioinform
; 25(3)2024 Mar 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38557676
3.
Multiomics Empowers Predictive Pancreatic Cancer Immunotherapy.
J Immunol
; 210(7): 859-868, 2023 04 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36947820
4.
A field guide to cultivating computational biology.
PLoS Biol
; 19(10): e3001419, 2021 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34618807
5.
Engineered bispecific antibodies targeting the interleukin-6 and -8 receptors potently inhibit cancer cell migration and tumor metastasis.
Mol Ther
; 30(11): 3430-3449, 2022 11 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35841152
6.
Matrix factorization and transfer learning uncover regulatory biology across multiple single-cell ATAC-seq data sets.
Nucleic Acids Res
; 48(12): e68, 2020 07 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32392348
7.
Enter the Matrix: Factorization Uncovers Knowledge from Omics.
Trends Genet
; 34(10): 790-805, 2018 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30143323
8.
projectR: an R/Bioconductor package for transfer learning via PCA, NMF, correlation and clustering.
Bioinformatics
; 36(11): 3592-3593, 2020 06 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32167521
9.
Digitizing omics profiles by divergence from a baseline.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 115(18): 4545-4552, 2018 05 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29666255
10.
CoGAPS 3: Bayesian non-negative matrix factorization for single-cell analysis with asynchronous updates and sparse data structures.
BMC Bioinformatics
; 21(1): 453, 2020 Oct 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33054706
11.
Integrated single-cell and bulk gene expression and ATAC-seq reveals heterogeneity and early changes in pathways associated with resistance to cetuximab in HNSCC-sensitive cell lines.
Br J Cancer
; 123(1): 101-113, 2020 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32362655
12.
Correction: Integrated single-cell and bulk gene expression and ATAC-seq reveals heterogeneity and early changes in pathways associated with resistance to cetuximab in HNSCC-sensitive cell lines.
Br J Cancer
; 123(10): 1582-1583, 2020 Nov.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32694696
13.
Inferring causal molecular networks: empirical assessment through a community-based effort.
Nat Methods
; 13(4): 310-8, 2016 Apr.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26901648
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Splice Expression Variation Analysis (SEVA) for inter-tumor heterogeneity of gene isoform usage in cancer.
Bioinformatics
; 34(11): 1859-1867, 2018 06 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29342249
15.
CancerInSilico: An R/Bioconductor package for combining mathematical and statistical modeling to simulate time course bulk and single cell gene expression data in cancer.
PLoS Comput Biol
; 14(4): e1006935, 2018 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31002670
16.
StereoGene: rapid estimation of genome-wide correlation of continuous or interval feature data.
Bioinformatics
; 33(20): 3158-3165, 2017 Oct 15.
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en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29028265
17.
PatternMarkers & GWCoGAPS for novel data-driven biomarkers via whole transcriptome NMF.
Bioinformatics
; 33(12): 1892-1894, 2017 Jun 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28174896
18.
Ten quick tips for deep learning in biology.
PLoS Comput Biol
; 18(3): e1009803, 2022 03.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35324884
19.
Comparative mutational landscape analysis of patient-derived tumour xenografts.
Br J Cancer
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Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28118322
20.
An unbiased in vivo functional genomics screening approach in mice identifies novel tumor cell-based regulators of immune rejection.
Cancer Immunol Immunother
; 66(12): 1529-1544, 2017 Dec.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-28770278