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1.
A cutoff-based method with charge-distribution-data driven pair potentials for efficiently estimating electrostatic interactions in molecular systems.
J Chem Phys
; 159(23)2023 Dec 21.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38112509
2.
Multiple protonation states in ligand-free SARS-CoV-2 main protease revealed by large-scale quantum molecular dynamics simulations.
Chem Phys Lett
; 794: 139489, 2022 May.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35221345
3.
Generalized-ensemble method study: A helix-mimetic compound inhibits protein-protein interaction by long-range and short-range intermolecular interactions.
J Comput Chem
; 42(14): 956-969, 2021 05 30.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33755222
4.
Flexibility and Cell Permeability of Cyclic Ras-Inhibitor Peptides Revealed by the Coupled Nosé-Hoover Equation.
J Chem Inf Model
; 61(4): 1921-1930, 2021 04 26.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33835817
5.
Molecular Interaction Mechanism of a 14-3-3 Protein with a Phosphorylated Peptide Elucidated by Enhanced Conformational Sampling.
J Chem Inf Model
; 60(10): 4867-4880, 2020 10 26.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-32910853
6.
Chemical modification-mediated optimisation of bronchodilatory activity of mepenzolate, a muscarinic receptor antagonist with anti-inflammatory activity.
Bioorg Med Chem
; 27(15): 3339-3346, 2019 08 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31204225
7.
Variation of free-energy landscape of the p53 C-terminal domain induced by acetylation: Enhanced conformational sampling.
J Comput Chem
; 37(31): 2687-2700, 2016 12 05.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27735058
8.
Virtual-system-coupled adaptive umbrella sampling to compute free-energy landscape for flexible molecular docking.
J Comput Chem
; 36(20): 1489-501, 2015 Jul 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26045390
9.
Computational Study of Drug Binding Affinity to Influenza A Neuraminidase Using Smooth Reaction Path Generation (SRPG) Method.
J Chem Inf Model
; 55(9): 1936-43, 2015 Sep 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26247106
10.
Prediction of synthetic accessibility based on commercially available compound databases.
J Chem Inf Model
; 54(12): 3259-67, 2014 Dec 22.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25420000
11.
Synthesis and biological comparison of enantiomers of mepenzolate bromide, a muscarinic receptor antagonist with bronchodilatory and anti-inflammatory activities.
Bioorg Med Chem
; 22(13): 3488-97, 2014 Jul 01.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24844758
12.
Binding Mechanism of Riboswitch to Natural Ligand Elucidated by McMD-Based Dynamic Docking Simulations.
ACS Omega
; 9(3): 3412-3422, 2024 Jan 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38284074
13.
Binding free-energy landscapes of small molecule binder and non-binder to FMN riboswitch: All-atom molecular dynamics.
Biophys Physicobiol
; 20(4): e200047, 2023.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38344029
14.
Computer simulation of molecular recognition in biomolecular system: from in silico screening to generalized ensembles.
Biophys Rev
; 14(6): 1423-1447, 2022 Dec.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36465086
15.
Investigation on substrate specificity and catalytic activity of serine protease neuropsin.
Biophys Physicobiol
; 19: e190040, 2022.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-36349321
16.
Fly casting with ligand sliding and orientational selection supporting complex formation of a GPCR and a middle sized flexible molecule.
Sci Rep
; 12(1): 13792, 2022 08 13.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35963875
17.
Rapid identification of protein-protein interfaces for the construction of a complex model based on multiple unassigned signals by using time-sharing NMR measurements.
J Struct Biol
; 174(3): 434-42, 2011 Jun.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-21501688
18.
Structure determination of a protein assembly by amino acid selective cross-saturation.
Proteins
; 79(1): 179-90, 2011 Jan.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-20954264
19.
Definition of drug-likeness for compound affinity.
J Chem Inf Model
; 51(5): 1012-6, 2011 May 23.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-21524122
20.
Selection of in silico drug screening results for G-protein-coupled receptors by using universal active probes.
J Chem Inf Model
; 51(9): 2398-407, 2011 Sep 26.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-21848279