Detalles de la búsqueda
1.
Promoter and enhancer RNAs regulate chromatin reorganization and activation of miR-10b/HOXD locus, and neoplastic transformation in glioma.
Mol Cell
; 82(10): 1894-1908.e5, 2022 05 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35390275
2.
HiConfidence: a novel approach uncovering the biological signal in Hi-C data affected by technical biases.
Brief Bioinform
; 24(2)2023 03 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36759336
3.
Bioframe: operations on genomic intervals in Pandas dataframes.
Bioinformatics
; 40(2)2024 Feb 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38402507
4.
Pairtools: From sequencing data to chromosome contacts.
PLoS Comput Biol
; 20(5): e1012164, 2024 May.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38809952
5.
Cooltools: Enabling high-resolution Hi-C analysis in Python.
PLoS Comput Biol
; 20(5): e1012067, 2024 May.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38709825
6.
RedChIP identifies noncoding RNAs associated with genomic sites occupied by Polycomb and CTCF proteins.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 119(1)2022 01 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34969862
7.
Comparison of genome architecture at two stages of male germline cell differentiation in Drosophila.
Nucleic Acids Res
; 50(6): 3203-3225, 2022 04 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35166842
8.
Single-cell Hi-C data analysis: safety in numbers.
Brief Bioinform
; 22(6)2021 11 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34406348
9.
Perspectives for the reconstruction of 3D chromatin conformation using single cell Hi-C data.
PLoS Comput Biol
; 17(11): e1009546, 2021 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34793453
10.
Studying RNA-DNA interactome by Red-C identifies noncoding RNAs associated with various chromatin types and reveals transcription dynamics.
Nucleic Acids Res
; 48(12): 6699-6714, 2020 07 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32479626
11.
Evolution of the Genome 3D Organization: Comparison of Fused and Segregated Globin Gene Clusters.
Mol Biol Evol
; 34(6): 1492-1504, 2017 06 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28333290
12.
Pairtools: from sequencing data to chromosome contacts.
bioRxiv
; 2023 Feb 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36824968
13.
Extrusion fountains are hallmarks of chromosome organization emerging upon zygotic genome activation.
bioRxiv
; 2023 Jul 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37503128
14.
RNA-DNA interactomes of three prokaryotes uncovered by proximity ligation.
Commun Biol
; 6(1): 473, 2023 04 29.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37120653
15.
Order and stochasticity in the folding of individual Drosophila genomes.
Nat Commun
; 12(1): 41, 2021 01 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33397980
16.
Cumulative contact frequency of a chromatin region is an intrinsic property linked to its function.
PeerJ
; 8: e9566, 2020.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32864204
17.
A machine learning framework for the prediction of chromatin folding in Drosophila using epigenetic features.
PeerJ Comput Sci
; 6: e307, 2020.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33816958
18.
Nuclear lamina integrity is required for proper spatial organization of chromatin in Drosophila.
Nat Commun
; 10(1): 1176, 2019 03 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30862957
19.
Activation of the alpha-globin gene expression correlates with dramatic upregulation of nearby non-globin genes and changes in local and large-scale chromatin spatial structure.
Epigenetics Chromatin
; 10(1): 35, 2017 07 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28693562
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