Detalles de la búsqueda
1.
Studies on the Configurational Stability of Tropolone-Ketone-, Ester-, and Aldehyde-Based Chiral Axes.
J Org Chem
; 89(1): 541-552, 2024 Jan 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38133833
2.
Performance and Analysis of the Alchemical Transfer Method for Binding-Free-Energy Predictions of Diverse Ligands.
J Chem Inf Model
; 64(1): 250-264, 2024 Jan 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38147877
3.
Enhancing Protein-Ligand Binding Affinity Predictions Using Neural Network Potentials.
J Chem Inf Model
; 64(5): 1481-1485, 2024 Mar 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38376463
4.
Validation of the Alchemical Transfer Method for the Estimation of Relative Binding Affinities of Molecular Series.
J Chem Inf Model
; 63(8): 2438-2444, 2023 04 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37042797
5.
Taming multiple binding poses in alchemical binding free energy prediction: the ß-cyclodextrin host-guest SAMPL9 blinded challenge.
Phys Chem Chem Phys
; 25(36): 24364-24376, 2023 Sep 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37676233
6.
Relative Binding Free Energy Calculations for Ligands with Diverse Scaffolds with the Alchemical Transfer Method.
J Chem Inf Model
; 62(2): 309-323, 2022 01 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34990555
7.
Application of the alchemical transfer and potential of mean force methods to the SAMPL8 host-guest blinded challenge.
J Comput Aided Mol Des
; 36(1): 63-76, 2022 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35059940
8.
Developing end-point methods for absolute binding free energy calculation using the Boltzmann-quasiharmonic model.
Phys Chem Chem Phys
; 24(10): 6037-6052, 2022 Mar 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35212338
9.
New tetrahydroisoquinoline-based D3R ligands with an o-xylenyl linker motif.
Bioorg Med Chem Lett
; 42: 128047, 2021 06 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-33882273
10.
Alchemical transformations for concerted hydration free energy estimation with explicit solvation.
J Chem Phys
; 154(5): 054103, 2021 Feb 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33557533
11.
Exploring the Free-Energy Landscape and Thermodynamics of Protein-Protein Association.
Biophys J
; 119(6): 1226-1238, 2020 09 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32877664
12.
3,7-Dihydroxytropolones Inhibit Initiation of Hepatitis B Virus Minus-Strand DNA Synthesis.
Molecules
; 25(19)2020 Sep 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32992516
13.
A grid-based algorithm in conjunction with a gaussian-based model of atoms for describing molecular geometry.
J Comput Chem
; 40(12): 1290-1304, 2019 May 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30698861
14.
Massive-Scale Binding Free Energy Simulations of HIV Integrase Complexes Using Asynchronous Replica Exchange Framework Implemented on the IBM WCG Distributed Network.
J Chem Inf Model
; 59(4): 1382-1397, 2019 04 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30758197
15.
Perturbation potentials to overcome order/disorder transitions in alchemical binding free energy calculations.
J Chem Phys
; 151(12): 124116, 2019 Sep 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31575187
16.
The generalized Boltzmann distribution is the only distribution in which the Gibbs-Shannon entropy equals the thermodynamic entropy.
J Chem Phys
; 151(3): 034113, 2019 Jul 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31325924
17.
Efficient gaussian density formulation of volume and surface areas of macromolecules on graphical processing units.
J Comput Chem
; 38(10): 740-752, 2017 04 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28160511
18.
A combined treatment of hydration and dynamical effects for the modeling of host-guest binding thermodynamics: the SAMPL5 blinded challenge.
J Comput Aided Mol Des
; 31(1): 29-44, 2017 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27696239
19.
Parameterization of an effective potential for protein-ligand binding from host-guest affinity data.
J Mol Recognit
; 29(1): 10-21, 2016 Jan.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-26256816
20.
Large scale free energy calculations for blind predictions of protein-ligand binding: the D3R Grand Challenge 2015.
J Comput Aided Mol Des
; 30(9): 743-751, 2016 09.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-27562018