Detalles de la búsqueda
1.
Catalytic mechanism and pH dependence of a methyltransferase ribozyme (MTR1) from computational enzymology.
Nucleic Acids Res
; 51(9): 4508-4518, 2023 05 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37070188
2.
Amber free energy tools: Interoperable software for free energy simulations using generalized quantum mechanical/molecular mechanical and machine learning potentials.
J Chem Phys
; 160(22)2024 Jun 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38856060
3.
Electronic and Nuclear Quantum Effects on Proton Transfer Reactions of Guanine-Thymine (G-T) Mispairs Using Combined Quantum Mechanical/Molecular Mechanical and Machine Learning Potentials.
Molecules
; 29(11)2024 Jun 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38893576
4.
Dissociative Transition State in Hepatitis Delta Virus Ribozyme Catalysis.
J Am Chem Soc
; 145(5): 2830-2839, 2023 02 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36706353
5.
AmberTools.
J Chem Inf Model
; 63(20): 6183-6191, 2023 Oct 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37805934
6.
Estimation of frequency factors for the calculation of kinetic isotope effects from classical and path integral free energy simulations.
J Chem Phys
; 158(17)2023 May 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37125722
7.
Modern semiempirical electronic structure methods and machine learning potentials for drug discovery: Conformers, tautomers, and protonation states.
J Chem Phys
; 158(12): 124110, 2023 Mar 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37003741
8.
AMBER Drug Discovery Boost Tools: Automated Workflow for Production Free-Energy Simulation Setup and Analysis (ProFESSA).
J Chem Inf Model
; 62(23): 6069-6083, 2022 Dec 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36450130
9.
Multireference Generalization of the Weighted Thermodynamic Perturbation Method.
J Phys Chem A
; 126(45): 8519-8533, 2022 Nov 17.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36301936
10.
CHARMM-GUI Free Energy Calculator for Practical Ligand Binding Free Energy Simulations with AMBER.
J Chem Inf Model
; 61(9): 4145-4151, 2021 09 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34521199
11.
Extension of the Variational Free Energy Profile and Multistate Bennett Acceptance Ratio Methods for High-Dimensional Potential of Mean Force Profile Analysis.
J Phys Chem A
; 125(19): 4216-4232, 2021 May 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33784093
12.
Alchemical Binding Free Energy Calculations in AMBER20: Advances and Best Practices for Drug Discovery.
J Chem Inf Model
; 60(11): 5595-5623, 2020 11 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32936637
13.
GPU-Accelerated Molecular Dynamics and Free Energy Methods in Amber18: Performance Enhancements and New Features.
J Chem Inf Model
; 58(10): 2043-2050, 2018 10 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30199633
14.
Divalent Metal Ion Activation of a Guanine General Base in the Hammerhead Ribozyme: Insights from Molecular Simulations.
Biochemistry
; 56(24): 2985-2994, 2017 06 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28530384
15.
VR-SCOSMO: A smooth conductor-like screening model with charge-dependent radii for modeling chemical reactions.
J Chem Phys
; 144(16): 164115, 2016 Apr 28.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27131539
16.
Nucleic acid reactivity: challenges for next-generation semiempirical quantum models.
J Comput Chem
; 36(18): 1370-89, 2015 Jul 05.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25943338
17.
Recent advances toward a general purpose linear-scaling quantum force field.
Acc Chem Res
; 47(9): 2812-20, 2014 Sep 16.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24937206
18.
Charge-dependent many-body exchange and dispersion interactions in combined QM/MM simulations.
J Chem Phys
; 143(23): 234111, 2015 Dec 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26696050
19.
Evidence for the role of active site residues in the hairpin ribozyme from molecular simulations along the reaction path.
J Am Chem Soc
; 136(22): 7789-92, 2014 Jun 04.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-24842535
20.
Mechanistic insights into RNA transphosphorylation from kinetic isotope effects and linear free energy relationships of model reactions.
Chemistry
; 20(44): 14336-43, 2014 Oct 27.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25223953