Detalles de la búsqueda
1.
A Bayesian method to infer copy number clones from single-cell RNA and ATAC sequencing.
PLoS Comput Biol
; 19(11): e1011557, 2023 Nov.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37917660
2.
LACE 2.0: an interactive R tool for the inference and visualization of longitudinal cancer evolution.
BMC Bioinformatics
; 24(1): 99, 2023 Mar 17.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36932333
3.
A review of computational strategies for denoising and imputation of single-cell transcriptomic data.
Brief Bioinform
; 22(4)2021 07 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33003202
4.
PMCE: efficient inference of expressive models of cancer evolution with high prognostic power.
Bioinformatics
; 38(3): 754-762, 2022 01 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34647978
5.
J-SPACE: a Julia package for the simulation of spatial models of cancer evolution and of sequencing experiments.
BMC Bioinformatics
; 23(1): 269, 2022 Jul 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35804300
6.
Chemotherapy after PD-1 inhibitors in relapsed/refractory Hodgkin lymphoma: Outcomes and clonal evolution dynamics.
Br J Haematol
; 198(1): 82-92, 2022 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35468225
7.
On the Use of Topological Features of Metabolic Networks for the Classification of Cancer Samples.
Curr Genomics
; 22(2): 88-97, 2021 Feb.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34220296
8.
Integration of single-cell RNA-seq data into population models to characterize cancer metabolism.
PLoS Comput Biol
; 15(2): e1006733, 2019 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30818329
9.
Learning mutational graphs of individual tumour evolution from single-cell and multi-region sequencing data.
BMC Bioinformatics
; 20(1): 210, 2019 Apr 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31023236
10.
Algorithmic methods to infer the evolutionary trajectories in cancer progression.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 113(28): E4025-34, 2016 07 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27357673
11.
Integration of transcriptomic data and metabolic networks in cancer samples reveals highly significant prognostic power.
J Biomed Inform
; 87: 37-49, 2018 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30244122
12.
TRONCO: an R package for the inference of cancer progression models from heterogeneous genomic data.
Bioinformatics
; 32(12): 1911-3, 2016 06 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26861821
13.
SpidermiR: An R/Bioconductor Package for Integrative Analysis with miRNA Data.
Int J Mol Sci
; 18(2)2017 Jan 27.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28134831
14.
CABeRNET: a Cytoscape app for augmented Boolean models of gene regulatory NETworks.
BMC Bioinformatics
; 17: 64, 2016 Feb 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26846964
15.
CAPRI: efficient inference of cancer progression models from cross-sectional data.
Bioinformatics
; 31(18): 3016-26, 2015 Sep 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25971740
16.
GESTODIFFERENT: a Cytoscape plugin for the generation and the identification of gene regulatory networks describing a stochastic cell differentiation process.
Bioinformatics
; 29(4): 513-4, 2013 Feb 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23292740
17.
A review of spatial computational models for multi-cellular systems, with regard to intestinal crypts and colorectal cancer development.
J Math Biol
; 66(7): 1409-62, 2013 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22565629
18.
Characterization of cancer subtypes associated with clinical outcomes by multi-omics integrative clustering.
Comput Biol Med
; 162: 107064, 2023 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37267828
19.
Evolutionary signatures of human cancers revealed via genomic analysis of over 35,000 patients.
Nat Commun
; 14(1): 5982, 2023 09 25.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-37749078
20.
Early detection and improved genomic surveillance of SARS-CoV-2 variants from deep sequencing data.
iScience
; 25(6): 104487, 2022 Jun 17.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-35677393