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1.
Docking-based long timescale simulation of cell-size protein systems at atomic resolution.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 119(41): e2210249119, 2022 10 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36191203
2.
VoroCNN: deep convolutional neural network built on 3D Voronoi tessellation of protein structures.
Bioinformatics
; 37(16): 2332-2339, 2021 Aug 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33620450
3.
KORP-PL: a coarse-grained knowledge-based scoring function for protein-ligand interactions.
Bioinformatics
; 37(7): 943-950, 2021 05 17.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32840574
4.
3D time-lapse imaging of a mouse embryo using intensity diffraction tomography embedded inside a deep learning framework.
Appl Opt
; 61(12): 3337-3348, 2022 Apr 20.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35471429
5.
Protein sequence-to-structure learning: Is this the end(-to-end revolution)?
Proteins
; 89(12): 1770-1786, 2021 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34519095
6.
Combining molecular dynamics simulations with small-angle X-ray and neutron scattering data to study multi-domain proteins in solution.
PLoS Comput Biol
; 16(4): e1007870, 2020 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32339173
7.
Predicting Protein Functional Motions: an Old Recipe with a New Twist.
Biophys J
; 118(10): 2513-2525, 2020 05 19.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32330413
8.
Interdomain Flexibility within NADPH Oxidase Suggested by SANS Using LMNG Stealth Carrier.
Biophys J
; 119(3): 605-618, 2020 08 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32668232
9.
DeepSymmetry: using 3D convolutional networks for identification of tandem repeats and internal symmetries in protein structures.
Bioinformatics
; 35(24): 5113-5120, 2019 12 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31161198
10.
Protein model quality assessment using 3D oriented convolutional neural networks.
Bioinformatics
; 35(18): 3313-3319, 2019 09 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30874723
11.
Smooth orientation-dependent scoring function for coarse-grained protein quality assessment.
Bioinformatics
; 35(16): 2801-2808, 2019 08 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30590384
12.
Docking rigid macrocycles using Convex-PL, AutoDock Vina, and RDKit in the D3R Grand Challenge 4.
J Comput Aided Mol Des
; 34(2): 191-200, 2020 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31784861
13.
Hydroxylation of Antitubercular Drug Candidate, SQ109, by Mycobacterial Cytochrome P450.
Int J Mol Sci
; 21(20)2020 Oct 16.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33081390
14.
Small angle X-ray scattering-assisted protein structure prediction in CASP13 and emergence of solution structure differences.
Proteins
; 87(12): 1298-1314, 2019 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31589784
15.
Assessment of chemical-crosslink-assisted protein structure modeling in CASP13.
Proteins
; 87(12): 1283-1297, 2019 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31569265
16.
Blind prediction of homo- and hetero-protein complexes: The CASP13-CAPRI experiment.
Proteins
; 87(12): 1200-1221, 2019 12.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31612567
17.
Controlled-advancement rigid-body optimization of nanosystems.
J Comput Chem
; 40(27): 2391-2399, 2019 10 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31254466
18.
Deep convolutional networks for quality assessment of protein folds.
Bioinformatics
; 34(23): 4046-4053, 2018 12 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29931128
19.
RapidRMSD: rapid determination of RMSDs corresponding to motions of flexible molecules.
Bioinformatics
; 34(16): 2757-2765, 2018 08 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29554205
20.
Analytical symmetry detection in protein assemblies. II. Dihedral and cubic symmetries.
J Struct Biol
; 203(3): 185-194, 2018 09.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-29902523