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1.
Distinct evolutionary trajectories of SARS-CoV-2-interacting proteins in bats and primates identify important host determinants of COVID-19.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 119(35): e2206610119, 2022 08 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35947637
2.
A Codon Model for Associating Phenotypic Traits with Altered Selective Patterns of Sequence Evolution.
Syst Biol
; 70(3): 608-622, 2021 04 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33252676
3.
DGINN, an automated and highly-flexible pipeline for the detection of genetic innovations on protein-coding genes.
Nucleic Acids Res
; 48(18): e103, 2020 10 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32941639
4.
Treerecs: an integrated phylogenetic tool, from sequences to reconciliations.
Bioinformatics
; 36(18): 4822-4824, 2020 09 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33085745
5.
Less effective selection leads to larger genomes.
Genome Res
; 27(6): 1016-1028, 2017 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28424354
6.
Unbiased Estimate of Synonymous and Nonsynonymous Substitution Rates with Nonstationary Base Composition.
Mol Biol Evol
; 35(3): 734-742, 2018 Mar 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29220511
7.
Accurate Detection of Convergent Amino-Acid Evolution with PCOC.
Mol Biol Evol
; 35(9): 2296-2306, 2018 09 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29986048
8.
Life History Traits Impact the Nuclear Rate of Substitution but Not the Mitochondrial Rate in Isopods.
Mol Biol Evol
; 35(12): 2900-2912, 2018 12 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30247705
9.
Moments of genome evolution by Double Cut-and-Join.
BMC Bioinformatics
; 16 Suppl 14: S7, 2015.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26451469
10.
Probabilistic modeling of the evolution of gene synteny within reconciled phylogenies.
BMC Bioinformatics
; 16 Suppl 14: S5, 2015.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26452018
11.
Erratum: Life History Traits Impact the Nuclear Rate of Substitution but Not the Mitochondrial Rate in Isopods.
Mol Biol Evol
; 36(3): 641, 2019 03 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30690454
12.
Bio++: efficient extensible libraries and tools for computational molecular evolution.
Mol Biol Evol
; 30(8): 1745-50, 2013 Aug.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-23699471
13.
Dollo Parsimony Overestimates Ancestral Gene Content Reconstructions.
Genome Biol Evol
; 16(4)2024 Apr 02.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38518756
14.
Accurate estimation of substitution rates with neighbor-dependent models in a phylogenetic context.
Syst Biol
; 61(3): 510-21, 2012 May.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22331438
15.
Extreme mitochondrial DNA divergence underlies genetic conflict over sex determination.
Curr Biol
; 32(10): 2325-2333.e6, 2022 05 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35483362
16.
GC-biased gene conversion conceals the prediction of the nearly neutral theory in avian genomes.
Genome Biol
; 20(1): 5, 2019 01 07.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-30616647
17.
Detecting adaptive convergent amino acid evolution.
Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci
; 374(1777): 20180234, 2019 07 22.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-31154974
18.
Accounting for horizontal gene transfers explains conflicting hypotheses regarding the position of aquificales in the phylogeny of Bacteria.
BMC Evol Biol
; 8: 272, 2008 Oct 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-18834516
19.
The heterochromatic copies of the LTR retrotransposons as a record of the genomic events that have shaped the Drosophila melanogaster genome.
Gene
; 411(1-2): 87-93, 2008 Mar 31.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-18281162
20.
MareyMap: an R-based tool with graphical interface for estimating recombination rates.
Bioinformatics
; 23(16): 2188-9, 2007 Aug 15.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-17586550