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1.
Divergent Learning-Related Transcriptional States of Cortical Glutamatergic Neurons.
J Neurosci
; 44(10)2024 Mar 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38238073
2.
Global genome decompaction leads to stochastic activation of gene expression as a first step toward fate commitment in human hematopoietic cells.
PLoS Biol
; 20(10): e3001849, 2022 10.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36288293
3.
GlycoEnzOnto: a GlycoEnzyme pathway and molecular function ontology.
Bioinformatics
; 38(24): 5413-5420, 2022 12 13.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36282863
4.
ΔFBA-Predicting metabolic flux alterations using genome-scale metabolic models and differential transcriptomic data.
PLoS Comput Biol
; 17(11): e1009589, 2021 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34758020
5.
DeltaNeTS+: elucidating the mechanism of drugs and diseases using gene expression and transcriptional regulatory networks.
BMC Bioinformatics
; 22(1): 108, 2021 Mar 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33663384
6.
Stochastic and Age-Dependent Proteostasis Decline Underlies Heterogeneity in Heat-Shock Response Dynamics.
Small
; 17(30): e2102145, 2021 07.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34196492
7.
A systems-based framework to computationally describe putative transcription factors and signaling pathways regulating glycan biosynthesis.
Beilstein J Org Chem
; 17: 1712-1724, 2021.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34367349
8.
Network perturbation analysis of gene transcriptional profiles reveals protein targets and mechanism of action of drugs and influenza A viral infection.
Nucleic Acids Res
; 46(6): e34, 2018 04 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29325153
9.
SINCERITIES: inferring gene regulatory networks from time-stamped single cell transcriptional expression profiles.
Bioinformatics
; 34(2): 258-266, 2018 Jan 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28968704
10.
Single-Cell-Based Analysis Highlights a Surge in Cell-to-Cell Molecular Variability Preceding Irreversible Commitment in a Differentiation Process.
PLoS Biol
; 14(12): e1002585, 2016 Dec.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28027290
11.
Acoustic Compressibility of Caenorhabditis elegans.
Biophys J
; 115(9): 1817-1825, 2018 11 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30314654
12.
Inferring gene targets of drugs and chemical compounds from gene expression profiles.
Bioinformatics
; 32(14): 2120-7, 2016 07 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27153589
13.
Optimal design of gene knockout experiments for gene regulatory network inference.
Bioinformatics
; 32(6): 875-83, 2016 03 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26568633
14.
Glycosylation flux analysis reveals dynamic changes of intracellular glycosylation flux distribution in Chinese hamster ovary fed-batch cultures.
Metab Eng
; 43(Pt A): 9-20, 2017 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28754360
15.
Are mutagenic non D-loop direct repeat motifs in mitochondrial DNA under a negative selection pressure?
Nucleic Acids Res
; 43(8): 4098-108, 2015 Apr 30.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25855815
16.
TRaCE+: Ensemble inference of gene regulatory networks from transcriptional expression profiles of gene knock-out experiments.
BMC Bioinformatics
; 17: 252, 2016 Jun 24.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27342648
17.
REDEMPTION: reduced dimension ensemble modeling and parameter estimation.
Bioinformatics
; 31(20): 3387-9, 2015 Oct 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-26076722
18.
Context-Dependent Role of Mitochondrial Fusion-Fission in Clonal Expansion of mtDNA Mutations.
PLoS Comput Biol
; 11(5): e1004183, 2015 May.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-25996936
19.
Maximizing signal-to-noise ratio in the random mutation capture assay.
Nucleic Acids Res
; 40(5): e35, 2012 Mar.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-22180539
20.
Cell and tissue-specific glycosylation pathways informed by single-cell transcriptomics.
bioRxiv
; 2024 Jan 03.
Artículo
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| MEDLINE | ID: mdl-38260527