Detalles de la búsqueda
1.
TKSM: highly modular, user-customizable, and scalable transcriptomic sequencing long-read simulator.
Bioinformatics
; 40(2)2024 02 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38273664
2.
Freddie: annotation-independent detection and discovery of transcriptomic alternative splicing isoforms using long-read sequencing.
Nucleic Acids Res
; 51(2): e11, 2023 01 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36478271
3.
Optimized high-throughput screening of non-coding variants identified from genome-wide association studies.
Nucleic Acids Res
; 51(3): e18, 2023 02 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36546757
4.
Genion, an accurate tool to detect gene fusion from long transcriptomics reads.
BMC Genomics
; 23(1): 129, 2022 Feb 14.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35164688
5.
PhISCS: a combinatorial approach for subperfect tumor phylogeny reconstruction via integrative use of single-cell and bulk sequencing data.
Genome Res
; 29(11): 1860-1877, 2019 11.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31628256
6.
Detecting high-scoring local alignments in pangenome graphs.
Bioinformatics
; 37(16): 2266-2274, 2021 Aug 25.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33532821
7.
CircMiner: accurate and rapid detection of circular RNA through splice-aware pseudo-alignment scheme.
Bioinformatics
; 36(12): 3703-3711, 2020 06 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32259207
8.
Structural variation and fusion detection using targeted sequencing data from circulating cell free DNA.
Nucleic Acids Res
; 47(7): e38, 2019 04 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30759232
9.
lordFAST: sensitive and Fast Alignment Search Tool for LOng noisy Read sequencing Data.
Bioinformatics
; 35(1): 20-27, 2019 01 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30561550
10.
Alignment-free clustering of UMI tagged DNA molecules.
Bioinformatics
; 35(11): 1829-1836, 2019 06 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30351359
11.
Comparison of high-throughput sequencing data compression tools.
Nat Methods
; 13(12): 1005-1008, 2016 Dec.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27776113
12.
Fast characterization of segmental duplications in genome assemblies.
Bioinformatics
; 34(17): i706-i714, 2018 09 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30423092
13.
Computational identification of micro-structural variations and their proteogenomic consequences in cancer.
Bioinformatics
; 34(10): 1672-1681, 2018 05 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29267878
14.
Discovery and genotyping of novel sequence insertions in many sequenced individuals.
Bioinformatics
; 33(14): i161-i169, 2017 Jul 15.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28881988
15.
SiNVICT: ultra-sensitive detection of single nucleotide variants and indels in circulating tumour DNA.
Bioinformatics
; 33(1): 26-34, 2017 01 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27531099
16.
CoLoRMap: Correcting Long Reads by Mapping short reads.
Bioinformatics
; 32(17): i545-i551, 2016 09 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27587673
17.
Fast and accurate mapping of Complete Genomics reads.
Methods
; 79-80: 3-10, 2015 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25461772
18.
mrsFAST-Ultra: a compact, SNP-aware mapper for high performance sequencing applications.
Nucleic Acids Res
; 42(Web Server issue): W494-500, 2014 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24810850
19.
ORMAN: optimal resolution of ambiguous RNA-Seq multimappings in the presence of novel isoforms.
Bioinformatics
; 30(5): 644-51, 2014 Mar 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-24130305
20.
Alu repeat discovery and characterization within human genomes.
Genome Res
; 21(6): 840-9, 2011 Jun.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-21131385