Detalles de la búsqueda
1.
Kinetic coevolutionary models predict the temporal emergence of HIV-1 resistance mutations under drug selection pressure.
Proc Natl Acad Sci U S A
; 121(15): e2316662121, 2024 Apr 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38557187
2.
Array programming with NumPy.
Nature
; 585(7825): 357-362, 2020 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-32939066
3.
Unique features of different classes of G-protein-coupled receptors revealed from sequence coevolutionary and structural analysis.
Proteins
; 90(2): 601-614, 2022 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34599827
4.
Mi3-GPU: MCMC-based Inverse Ising Inference on GPUs for protein covariation analysis.
Comput Phys Commun
; 2602021 Mar.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-33716309
5.
Coevolutionary Landscape of Kinase Family Proteins: Sequence Probabilities and Functional Motifs.
Biophys J
; 114(1): 21-31, 2018 01 09.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-29320688
6.
Inference of Epistatic Effects Leading to Entrenchment and Drug Resistance in HIV-1 Protease.
Mol Biol Evol
; 34(6): 1291-1306, 2017 06 01.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-28369521
7.
Biophysical fitness landscapes for transcription factor binding sites.
PLoS Comput Biol
; 10(7): e1003683, 2014 Jul.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-25010228
8.
Evolutionary sequence and structural basis for the distinct conformational landscapes of Tyr and Ser/Thr kinases.
Res Sq
; 2024 May 03.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38746330
9.
Evolutionary sequence and structural basis for the distinct conformational landscapes of Tyr and Ser/Thr kinases.
bioRxiv
; 2024 May 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38559238
10.
Activation of Polycystin-1 Signaling by Binding of Stalk-derived Peptide Agonists.
bioRxiv
; 2024 Jan 06.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-38260358
11.
Mechanisms of HIV-1 integrase resistance to dolutegravir and potent inhibition of drug-resistant variants.
Sci Adv
; 9(29): eadg5953, 2023 07 21.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-37478179
12.
A universal scaling law determines time reversibility and steady state of substitutions under selection.
Theor Popul Biol
; 82(1): 66-76, 2012 Aug.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-22838027
13.
Limits to detecting epistasis in the fitness landscape of HIV.
PLoS One
; 17(1): e0262314, 2022.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-35041711
14.
Contingency and Entrenchment of Drug-Resistance Mutations in HIV Viral Proteins.
J Phys Chem B
; 126(50): 10622-10636, 2022 12 22.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36493468
15.
Evolutionary divergence in the conformational landscapes of tyrosine vs serine/threonine kinases.
Elife
; 112022 12 23.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-36562610
16.
The generative capacity of probabilistic protein sequence models.
Nat Commun
; 12(1): 6302, 2021 11 02.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-34728624
17.
Influence of multiple-sequence-alignment depth on Potts statistical models of protein covariation.
Phys Rev E
; 99(3-1): 032405, 2019 Mar.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-30999494
18.
Epistasis and entrenchment of drug resistance in HIV-1 subtype B.
Elife
; 82019 10 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-31591964
19.
Potts Hamiltonian models of protein co-variation, free energy landscapes, and evolutionary fitness.
Curr Opin Struct Biol
; 43: 55-62, 2017 04.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27870991
20.
Structural propensities of kinase family proteins from a Potts model of residue co-variation.
Protein Sci
; 25(8): 1378-84, 2016 08.
Artículo
en Inglés
| MEDLINE | ID: mdl-27241634
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